Molecular modeling methods in the study and design of bioactive compounds: An introduction

This paper presents an introduction to the main methods used in molecular modeling calculations applied in the design of bioactive compounds. An introductory description of the two approaches methods predominantly used in molecular modeling studies is presented: the classical approach, which includes molecular mechanics and molecular dynamics; and the quantum mechanical approach, which includes ab initio and semi-empirical methods. We discuss how these methods can be applied to determine the molecular structure and properties from these compounds and how to make the best choice according to the problem being addressed.  DOI: 10.5935/1984-6835.20090007Este trabalho apresenta uma introdução aos principais métodos usados em cálculos de modelagem molecular aplicados no planejamento de compostos bioativos. É feita uma descrição introdutória dos métodos das duas aproximações usadas predominantemente em estudos de modelagem molecular: a aproximação clássica, que inclui os métodos da mecânica molecular e da dinâmica molecular, e a aproximação quântica, que inclui os métodos ab initio e semi-empíricos. É discutido como estes métodos podem ser aplicados para determinação da estrutura molecular e de propriedades decorrentes destes compostos e qual a melhor escolha de acordo com o problema a ser abordado.   DOI: 10.5935/1984-6835.2009000