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Otimização de desempenho de software para análises de diversidade genética utilizando programação paralela
Author(s) -
Alexandre Hild Aono,
Álvaro Luiz Fazenda
Publication year - 2019
Language(s) - Portuguese
Resource type - Conference proceedings
DOI - 10.5753/eradsp.2019.13584
Subject(s) - physics , computer science
A utilização de marcadores moleculares em conjunto com as principais metodologias de diversidade genética permitem inferir o quão próximo determinados organismos se encontram em uma escala evolutiva. No presente trabalho, foram realizadas otimizações de desempenho no cálculo de medidas de distância genética em um pacote do R, amplamente utilizado pela comunidade científica com diferentes formatos de dados. Com uma redução média de 90% no tempo gasto para esses cálculos usando diferentes medidas de diver- sidade, os resultados mostraram grande potencial de otimização em métodos de uma área que se encontra em constante evolução e que tem produzido uma quantidade massiva de dados biológicos.