Refatorando um Pipeline de Bioinformática: Um Estudo de Caso para Análise de Amplicons

Os pipelines de bioinformática são essenciais para possibilitar o processamento da enorme quantidade de dados biológicos disponíveis. Uma abordagem na análise de dados biológicos consiste em implementar scripts usando uma linguagem de programação como Perl, Python, R ou Bash. No entanto, esses scripts podem ser difíceis de serem mantidos e compreendidos por outros desenvolvedores. Neste trabalho, reimplementamos um pipeline para análise de amplicons, implementado em Perl, para torná-lo escalável, portável, com código simplificado e para a paralelização de seus processos. Para isso, utilizamos um gerenciador de workflow denominado Nextflow.