Open AccessMétodo computacional baseado em workflow para contabilização da frequência de repetição de k-mers
Author(s) -
Fabrício Vilasbôas,
Carla Osthoff,
Kary Ocaña,
Oswaldo Trelles,
Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
Publication year - 2017
Language(s) - Portuguese
Resource type - Conference proceedings
DOI - 10.5753/bresci.2017.9925
Subject(s) - computer science , workflow , parallel computing , physics , database
Este trabalho apresenta uma análise do desempenho do SCFRK, um algoritmo determinístico para uma aplicação de bioinformática computacionalmente intensiva, o k-mer, para uma arquitetura GPGPU em um ambiente de workflow científico. Nossos experimentos demonstram que o SCFRK é uma alternativa eficiente e de baixo custo para a contabilização de k-mers para análises em metagenoma.