Open AccessReconstrucción filogenética usando geometría algebraica
Author(s) -
Marta Casanellas,
Jesús Fernández-Sánchez
Publication year - 2010
Publication title -
arbor
Language(s) - Spanish
Resource type - Journals
SCImago Journal Rank - 0.154
H-Index - 15
eISSN - 1988-303X
pISSN - 0210-1963
DOI - 10.3989/arbor.2010.746n1251
Subject(s) - art , philosophy
A new approach to phylogenetic reconstruction has been emerging in the last years. Given an evolutionary model, the joint probability distribution of the nucleotides for these species satisfy some algebraic constraints called invariants. These invariants have theoretical and practical interest, since they can be used to infer phylogenies. In this paper, we explain how to use these invariants to design algorithms for phylogenetic reconstruction and we show how the application of tools and theoretical results coming from commutative algebra and algebraic geometry can improve the performance and the efficiency of these algorithms.
Una nueva aproximación a la reconstrucción filogenética basada en la geometría algebraica está ganando fuerza en los últimos años. Fijado un modelo evolutivo para un conjunto de especies, las distribuciones teóricas de los nucleótidos de estas especies satisfacen ciertas relaciones algebraicas que llamamos invariantes. Estos invariantes son de interés teórico y práctico dado que se pueden utilizar para inferir filogenias. En este artículo, explicamos cómo usar los invariantes para implementar algoritmos de reconstrucción filogenética y mostramos cómo el uso de técnicas y resultados teóricos procedentes del álgebra conmutativa y la geometría algebraica puede contribuir en la mejora en la eficacia y la eficiencia de estos algoritmos
Una nueva aproximación a la reconstrucción filogenética basada en la geometría algebraica está ganando fuerza en los últimos años. Fijado un modelo evolutivo para un conjunto de especies, las distribuciones teóricas de los nucleótidos de estas especies satisfacen ciertas relaciones algebraicas que llamamos invariantes. Estos invariantes son de interés teórico y práctico dado que se pueden utilizar para inferir filogenias. En este artículo, explicamos cómo usar los invariantes para implementar algoritmos de reconstrucción filogenética y mostramos cómo el uso de técnicas y resultados teóricos procedentes del álgebra conmutativa y la geometría algebraica puede contribuir en la mejora en la eficacia y la eficiencia de estos algoritmos