Assessment of the level of allelic polymorphism of SSR markers and genetic distances of some grape varieties of the South of Russia of different ecological-geographical groups

Представлены результаты оценки генетического разнообразия 24 местных сортов юга России, поддерживаемых на ампелографической коллекции ФГБУН «ВННИИВиВ «Магарач». ДНК-типирование сортов и оценка аллельного разнообразия выполнено с использованием 9 ядерных (nSSR) и 3 хлоропластных (cpSSR) микросателлитных локусов. Уровень полиморфизма nSSR локусов составил 100 %. Всего было идентифицировано 73 аллеля, в среднем 9.1 аллеля /локус. Минимальное количество аллелей идентифицировано в локусах ssrVrZAG64 и ssrZag83. Наибольшее количество аллелей выявлено в локусе ssrVvUCH29 (13 аллелей), диапазон размера которых составил 203 п.н. - 309 п.н. В результате анализа полиморфизма сpSSR-локусов идентифицировано 4 хлоротипа: А, В, С, D. Наиболее распростанен в группе изученных сортов хлоротип D (58 %). В статье обсуждается происхождение сортов на основе анализа их гаплотипов. По результатами анализа аллельного полиморфизма nSSR-локусов рассчитана матрица генетических дистанций, значения которой находились в диапазоне 0,33-0,94, построена дендрограмма, отражающая взаимоотношения между образцами. По степени генетического сходства выделились 3 основных кластера, в которых наблюдалась дифференциация или тенденция к дифференциации по эколого-географическим группам. The assessment results of genetic diversity of 24 local varieties of the South of Russia, maintained in the ampelographic collection of the FSBSI Institute Magarach are presented. DNA typing of cultivars and assessment of allelic diversity was performed using 9 nuclear (nSSR) and 3 chloroplast (cpSSR) microsatellite loci. The level of polymorphism of nSSR loci was 100%. A total of 73 alleles were identified with an average of 9.1 alleles per locus. The minimal number of alleles was observed in the ssrVrZAG64 and ssrZag83 loci. The biggest number of alleles was found in the ssrVvUCH29 locus (13 alleles), the size range of which was 203 bp-309 bp. As a result of polymorphism analysis of cpSSR loci, 4 chlorotypes were identified: A, B, C, D. Chlorotype D is the most widespread in the group of the studied cultivars (58%). The article discusses the origin of varieties based on the analysis of their haplotypes. Based on the results of the analysis of allelic polymorphism of nSSR loci, a matrix of genetic distances was calculated, the values of which were in the range of 0.33-0.94, and a dendrogram, reflecting the relationship between the samples, was constructed. According to the degree of genetic similarity, 3 main clusters were distinguished, in which differentiation or a tendency towards differentiation by ecological-geographical groups was observed.