Evaluación de las regiones del cloroplasto matK e ycf1 como marcadores de diagnóstico para el género Pinus

Resumen   A pesar de la importancia ecológica y económica mundial del género Pinus, aún no hay una filogenia de consenso del género que llegue hasta el nivel de especie.  Asimismo tampoco existe un marcador “código de barras” de consenso para las plantas terrestres. Esto se debe principalmente a la reducida variabilidad genética de Pinus y/o a la inadecuada selección de marcadores. Para obtener mejores resultados, proponemos que el marcador matK se utilice en su longitud total en lugar de solo la región “código de barras” habitualmente utilizada. También evaluamos la variabilidad y susceptibilidad a la saturación de un marcador recientemente propuesto, ycf1. Se descargaron todas las secuencias de matK presentes en GenBank del género Pinus de longitud igual o superior a 1600 nucleótidos, y todas las secuencias de ycf1 para esas especies. Las estadísticas de los alineamientos de secuencias resultantes fueron analizadas y comparadas con otros estudios. A continuación se realizaron análisis filogenéticos mediante el método bayesiano y el de máxima verosimilitud. También se hizo un estudio de saturación del marcador ycf1. El desempeño de matK mejoró significativamente al utilizar la longitud total, corroborando la hipótesis inicial. Otro hallazgo fue que la variabilidad de matK se reparte de manera relativamente uniforme por toda la longitud del marcador. Como se esperaba ycf1 tuvo un nivel de variabilidad mucho mayor. No se constató saturación en ycf1 pero se recomienda precaución en su uso por encima de la categoría taxonómica del género. También se comentan dos conflictos encontrados entre la señal filogenética de matK e ycf1.