Open AccessSpecies Validation of Mole Crabs Based on Molecular Marker of 16s rRNA from Bantul and Purworejo waters
Author(s) -
Nurlisa A. Butet,
Inge Anggraeni Bela Putri Dewi,
Zairion Zairion,
Agus Alim Hakim
Publication year - 2019
Publication title -
jurnal pengelolaan perikanan tropis/jurnal pengelolaan perikanan tropis (journal of tropical fisheries management)
Language(s) - Slovenian
Resource type - Journals
eISSN - 2614-8641
pISSN - 2598-8603
DOI - 10.29244/jppt.v3i2.30434
Subject(s) - biology , 16s ribosomal rna , zoology , genetics , gene
Undur-undur laut hidup pada habitat intertidal pantai berpasir. Identifikasi spesies akuatik sering mengalami kesalahan yang diakibatkan oleh fenomena cryptic spesies, sehingga diperlukan teknik identifikasi dengan pendekatan molekuler yaitu DNA barcoding. Penelitian ini bertujuan untuk menvalidasi dan menganalisis hubungan kekerabatan dari undur-undur laut berdasarkan marka molekuler gen 16S rRNA dari perairan Bantul dan Purworejo. Kit komersil berupa Gene Aid digunakan untuk isolasi dan ekstraksi DNA dan dihasilkan tiga DNA total dari setiap lokasi. DNA total dengan kualitas baik dilanjutkan pada proses amplifikasi menggunakan teknik PCR dengan primer 16S rRNA. Hasil sekuen gen 16S rRNA sampel undur-undur laut disejajarkan dengan beberapa sekuen dengan spesies lain dari genus Emerita, Scylla, dan Portunus yang berasal dari GeneBank. Validasi spesies dilakukan dengan mengunakan BLASTn. Jarak genetik dan pohon filogenik didapatkan dari program MEGA 5.0. Sampel undur-undur laut yang berasal dari Bantul dan Purworejo tidak berbeda nyata dan sampel berasal dari sumber genetik yang sama.