Hubungan Filogenetik Intraspesies Cucumis melo L. berdasarkan DNA Barcode Gen matK

Rekonstruksi hubungan evolusi (evolutionary relationship) dari kelompok organisme, salah satunya yaitu hubungan filogenetik, merupakan hal penting dalam kajian sistematika yang dapat digunakan sebagai landasan untuk melakukan penelitian-penelitian komparatif. Pemikiran dasar penggunaan sekuen DNA dalam studi filogenetika (DNA Barcode) adalah bahwa terjadi perubahan basa nukleotida menurut waktu, sehingga akan dapat diperkirakan kecepatan evolusi yang terjadi dan akan dapat direkonstruksi hubungan evolusi antara satu kelompok organisme dengan yang lainnya. Gen MatK adalah gen populer yang digunakan dalam DNA Barcode tanaman di dunia, maka penyusunan DNA barcode berdasarkan gen MatK diharapkan dapat menunjukkan karakter molekuler yang spesifik dari melon. Analisis filogenetik dilakukan oleh paket perangkat lunak MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) berdasarkan metode Maximum Parsimony (MP). Gen matK dalam melon mengandung lebih banyak basa A dan T daripada basa G dan C. Hasil analisis menunjukkan ada 43 situs variatif dan 6 situs Parsimony dari 576 bp gen matK yang diaggregasi. Indeks konsistensi adalah (0,8), indeks retensi adalah (0,8), dan indeks komposit adalah 0,744681 (0,604938) untuk semua situs dan situs parsimoni-informatif (dalam kurung). Genus Cucumis adalah kelompok monofiletik. Analisis karakter molekuler berdasarkan barcode DNA dari gen matK menunjukkan bahwa gen ini mampu membedakan variasi intraspesies dalam melon.