Open AccessFecal microbiome change in patients with ulcerative colitis after fecal microbiota transplantation
Author(s) -
Artem Tikunov,
В. В. Морозов,
Аlexander N. Shvalov,
Alevtina Bardashevа,
Е. В. Шрайнер,
О. А. Максимова,
И. О. Волошина,
Vera V. Morozova,
В. В. Власов,
Nina V. Tikunova
Publication year - 2020
Publication title -
vavilovskij žurnal genetiki i selekcii
Language(s) - Russian
Resource type - Journals
SCImago Journal Rank - 0.188
H-Index - 7
eISSN - 2500-0462
pISSN - 2500-3259
DOI - 10.18699/vj20.610
Subject(s) - firmicutes , ulcerative colitis , microbiome , feces , fecal bacteriotherapy , gastrointestinal tract , human gastrointestinal tract , gut flora , gastroenterology , proteobacteria , biology , inflammatory bowel disease , transplantation , colitis , medicine , immunology , microbiology and biotechnology , antibiotics , bacteria , disease , bioinformatics , clostridium difficile , 16s ribosomal rna , genetics
Микробиота кишечника человека – это динамическая система, находящаяся под воздействием организма хозяина и внешних факторов. Возникающие нарушения кишечной микробиоты могут привести к патологическим состояниям, включая воспалительные и онкологические заболевания желудочно-кишечного тракта. Одним из возможных способов воздействия на микробиоту кишечника является фекотрансплантация (ФТ) – введение кишечной микробиоты от здорового донора в кишечный тракт пациента. В настоящее время в ряде стран этот метод используется для нормализации микробиоты кишечника, в основном при хронических воспалительных заболеваниях кишечника. В России (Новосибирск) уже несколько лет ведутся пилотные исследования эффективности ФТ при язвенном колите. Цель данной работы – оценить изменение микробиома кишечника 20 пациентов с язвенным колитом после однократного проведения ФТ. Основной метод – сравнительный анализ библиотек последовательностей 16S рибосомальной РНК, созданных на основе образцов, полученных от пациентов с язвенным колитом до и после ФТ и секвенированных на платформе Illumina MiSeq. Результаты исследования показали, что ФТ привела к увеличению среднего биоразнообразия последовательностей в образцах, полученных после ФТ, по сравнению с образцами, собранными до ФТ, хотя разница не была статистически достоверной. Доля последовательностей Firmicutes, являющихся доминирующей компонентой кишечной микробиоты здоровых людей, уменьшилась (~32 % vs. >70 %), а доля последова- тельностей Proteobacteria увеличилась (>9 % vs. <5 %). В некоторых образцах, собранных до ФТ, были обнаружены последовательности патогенных представителей Firmicutes и Proteobacteria, включая Acinetobacter spp., Enterococcus spp., Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Staphylococcus aureus, Stenotrophomonas maltophylia, Streptococcus spp. В большинстве случаев после ФТ доля таких последовательностей резко сократилась. Исключение составили последовательности Clostridium difficile, содержание которых в образцах почти половины пациентов составляло менее 0.5 %; после ФТ доля последовательностей C. difficile значительно уменьшилась лишь у трех пациентов. Следует отметить, что после ФТ повысилось на порядок содержание Lactobacillus spp. и существенно расширился их видовой состав. По результатам исследования можно сделать предварительное заключение о том, что даже однократная процедура ФТ приводит к повышению биоразнообразия микробиоты пациентов и оптимизации ее таксономического состава.