Open AccessКомп’ютерне моделювання комплексу гліциризину з протеазою SARS-CoV-2 — мішенню для розробки противірусних препаратів
Author(s) -
Oleksandr V. Savytskyi,
A. I. Kornelyuk
Publication year - 2022
Publication title -
dopovidi nacionalʹnoï akademiï nauk ukraïni/dopovìdì nacìonalʹnoï akademìï nauk ukraïni
Language(s) - Ukrainian
Resource type - Journals
eISSN - 2518-153X
pISSN - 1025-6415
DOI - 10.15407/dopovidi2022.01.115
Subject(s) - covid-19 , virology , biology , medicine , outbreak , infectious disease (medical specialty) , disease
Основна протеїназа вірусу SARS-CoV-2 (3CLpro) контролює активність реплікаційного комплексу вірусу і завдяки цьому є можливою мішенню для розробки специфічних інгібіторів. Під час розробки лікарських препаратів проти SARS-CoV-2 велика увага приділяється відомим раніше ефективним хімічним сполукам. Однією з таких сполук може бути гліциризин — тритерпеноїдний сапонін, виділений із коріння солодки (Glycyrrhizae radix). У роботі наведено результати комп’ютерного моделювання комплексу гліциризину з протеазою вірусу SARS-CoV-2, проведеного з метою вивчення механізму зв’язування гліциризину в активному центрі протеази та можливого інгібування каталітичної активності ключового ферменту. Виконано молекулярний докінг гліциризину зі структурою 3CLpro SARS-CoV-2 з відкритою каталітичною петлею, отриманою з траєкторії молекулярної динаміки на 694 нс часу симуляції. Встановлено, що енергія зв’язування для кращого структурного комплексу гліциризину з 3CLpro SARS-CoV-2 становить —10, 723 ккал/моль, причому гліциризин формує дев’ять водневих зв’язків з амінокислотними залишками протеази Thr26, Asn119, Asn142, Glu166, Arg188 та Gln189.