Open AccessImplementación en GPU del Estadístico t para análisis de expresión genética en microarreglos
Author(s) -
Eduardo Romero-Vivas,
Fernando Daniel Von Borstel Luna,
Isaac Villa-Medina
Publication year - 2012
Publication title -
acta universitaria
Language(s) - Spanish
Resource type - Journals
eISSN - 2007-9621
pISSN - 0188-6266
DOI - 10.15174/au.2012.370
Subject(s) - humanities , physics , cuda , microbiology and biotechnology , computer science , art , operating system , biology
Introducción: Los microarreglos de ADN son utilizados para analizar simultáneamente el nivel de expresión de genes bajo múltiples condiciones; sin embargo, la masiva cantidad de datos generados hacen que su análisis sea un candidato ideal para su procesamiento en paralelo. La utilización de Unidades de Procesamiento Gráfico de Propósito General (GPGPU) es una alternativa eficiente y de bajo costo, comparada contra aplicaciones que utilizan CPUs. Objetivo: Implementación de algoritmos basados en la Arquitectura de Dispositivos de Cómputo Unificado (CUDA) para determinar la significancia estadística en la evaluación de los niveles de expresión de genes en microarreglos. Método: Análisis paramétrico t-pareado desarrollado en CUDA. Resultados: La evaluación utilizando la implementación en CUDA es 5 a 30 veces más rápida que la implementación en CPU, dependiendo del número de genes a ser evaluados. Conclusiones: Los resultados son comparados contra las implementaciones tradicionales en CPU; se proponen mejoras.