Ανάπτυξη και εφαρμογή μοριακών μεθόδων στη γενετική ταυτοποίηση ειδών και τροφίμων ζωικής παραγωγής

Στην παρούσα διδακτορική διατριβή αναπτύχθηκαν και επικυρώθηκαν μέθοδοι για την ταυτοποίηση ζωικών ειδών και των προϊόντων τους. Αποτελεί την πιο εκτεταμένη γενετική ανάλυση της αυθεντικότητας των τροφίμων στην Ελληνική αγορά, επιλέγοντας δύο από τις κυριότερες κατηγορίες τροφίμων, τα προϊόντα κρέατος και τα ιχθυηρά και ακολουθώντας και τις κατευθυντήριες γραμμές της ΕΕ μετά το διατροφικό σκάνδαλο του 2013. Έτσι, για την ταυτοποίηση ειδών κρέατος χρησιμοποιήθηκαν ειδο-ειδικές προσεγγίσεις απλής και real-time PCR, οι οποίες εφαρμόστηκαν σε 100 εμπορικά προϊόντα. Το ποσοστό νοθείας που υπολογίστηκε ήταν 11%. Επιπλέον, σε πολλές περιπτώσεις ανιχνεύτηκαν αδήλωτα είδη σε μικρές ποσότητες (<1%) και δεν συμπεριλήφθηκαν στις περιπτώσεις νοθείας (Σύσταση ΕΕ 2014/180). Η ανίχνευση αυτών των μη δηλωμένων ειδών οφείλεται πιθανόν στον μη επαρκή καθαρισμό του εξοπλισμού κατά την παραγωγή των προϊόντων. DNA αλόγου δεν ανιχνεύτηκε σε κανένα προϊόν, ούτε σε πολύ μικρές ποσότητες, υποδεικνύοντας συμμόρφωση της αγοράς μετά το διατροφικό σκάνδαλο του 2013. Για πρώτη φορά γίνεται εκτεταμένος έλεγχος της ορθότητας στην ποσοτική δήλωση της ετικέτας με DNA αναλύσεις. Βρέθηκε ότι τα αναγραφόμενα ποσοστά σύστασης ενός είδους συμφωνούσαν με τα αποτελέσματα της παρούσης εργασίας σε μικρό αριθμό δειγμάτων. Τέλος, παρατηρήθηκε ότι κάποιες εταιρείες είναι περισσότερο συμμορφούμενες, σε σχέση με κάποιες άλλες. Για τον έλεγχο της ακριβούς επισήμανσης στη δεύτερη βασική κατηγορία τροφίμων που επιλέχτηκε, τα ιχθυηρά χρησιμοποιήθηκε η τεχνική DNA barcoding. Η τεχνική αυτή εφαρμόστηκε σε 332 εμπορικά προϊόντα ιχθυηρών από την Ελλάδα (285) και τη Βουλγαρία (47). Το ποσοστό παραπλανητικής επισήμανσης που καταγράφηκε στην ελληνική αγορά τα έτη 2015-2018, ήταν 12,9%. Οι συνεχόμενοι έλεγχοι φαίνεται να είχαν αποτέλεσμα, καθώς το 2018 παρατηρήθηκε το μικρότερο ποσοστό αντικατάστασης (4,7%). Οι πιο κοινές περιπτώσεις παραπλανητικής επισήμανσης είναι αυτή της αντικατάστασης του είδους Limanda aspera από το είδος Lepidopsetta polyxystra και οι υποκαταστάσεις μεταξύ των ειδών του γένους Merluccius. Κάποιες περιπτώσεις αντικατάστασης ειδών φαίνεται να έχουν οικονομικό κίνητρο, ενώ κάποιες άλλες οφείλονται σε κοινά μορφολογικά χαρακτηριστικά, ή σε περιπτώσεις μικτής αλιείας. Το ποσοστό παραπλανητικής επισήμανσης στην αγορά της Βουλγαρίας ήταν της τάξης του 4,7%. Η ταυτοποίηση ειδών εκτός από την αυθεντικότητα των τροφίμων είναι σημαντική και για την προστασία και τη διαχείριση των οικοσυστημάτων. Για αυτό το λόγο η μέθοδος DNA barcoding που αναπτύχθηκε χρησιμοποιήθηκε και για την ταυτοποίηση εισβολικών ειδών ιχθυηρών, σε δύο περιπτώσεις, το οποίο ήταν σημαντικό για τη λήψη αποφάσεων όσον αφορά τη διαχείριση αυτών των ειδών στην εκάστοτε περιοχή. Η πρώτη περίπτωση αφορούσε την ταυτοποίηση ενός ατόμου που ανήκει στο είδος P. miles και η συγκεκριμένη καταγραφή του είδους, αποτελεί τη βορειότερη επέκταση του είδους στη Μεσόγειο. Η δεύτερη περίπτωση αφορούσε την ταυτοποίηση ατόμων από δύο διαφορετικές περιοχές στην πολιτεία του Κοννέκτικατ, ανιχνεύοντας την παρουσία του εισβολικού είδους C. immaculatus. Η παρούσα διατριβή συντελεί στην ενδυνάμωση του πεδίου των αναγνωρισμένων επαγγελματικών δικαιωμάτων των βιολόγων όσον αφορά τις αναλύσεις τροφίμων. Η νομοθεσία σε συνδυασμό με την ολοένα και αυξανόμενη απαίτηση για διαφάνεια στον τομέα των τροφίμων φαίνεται να καθιστούν τις γενετικές αναλύσεις αναγκαίες. Οι συγκεκριμένες μέθοδοι, όπως αποδείχτηκε, μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ταυτοποίηση ειδών με σημαντικές εφαρμογές.