Molecular characterization and annotation of paralogous and orthologous genes in teleost early developmental stages

Η εμβρυογένεση είναι μία από τις κρισιμότερες περιόδους για τη ζωή όλων των οργανισμών, στη διάρκεια της οποίας υλοποιείται μία σειρά από σημαντικές διεργασίες. Η ύπαρξη ενός επιπλέον γύρου πολλαπλασιασμού του γονιδιώματος στους τελεόστεους ιχθείς καθώς και το υψηλό ποσοστό διατήρησης παράλογων γονιδίων σχετικών με την ανάπτυξη, καθιστά την εμβρυογένεσή τους ένα ιδιαίτερα ενδιαφέρον ερευνητικό πεδίο. Στην παρούσα διατριβή, διερευνήθηκε η μοριακή βάση της ανάπτυξης σε ένα μοντέλο (ακανθερό, Gasterosteus aculeatus) και ένα μη μοντέλο (Ευρωπαϊκό λαβράκι, Dicentrarchus labrax) είδος τελεόστεων. Μετά την συλλογή των προφίλ έκφρασης εξετάστηκε η έκφραση παράλογων γονιδίων και ο ρόλος τους κατά την εμβρυογένεση. Επιπλέον, μελετήθηκαν τα διαφορετικά προφίλ έκφρασης των miRNAs σε όλα τα πρώιμα αναπτυξιακά στάδια των δύο εξεταζόμενων ειδών. Από την μελέτη των μεταγραφωμάτων έγινε φανερό ότι οι βασικές περίοδοι πρώιμης ανάπτυξης χαρακτηρίζονται από την έκφραση συγκεκριμένων ομάδων γονιδίων. Από την αναζήτηση παράλογων γονιδίων στο μεταγράφωμα του Ευρωπαϊκού λαβρακιού και του ακανθερού, προέκυψε ένας κατάλογος γονιδίων που βρέθηκαν είτε διπλασιασμένα είτε σε ένα αντίγραφο αποκαλύπτοντας ειδο-ειδικές ιδιαιτερότητες. Η διερεύνηση των miRNAs που εκφράστηκαν κατά την ανάπτυξη του λαβρακιού οδήγησε στην αναγνώριση, για πρώτη φορά για αυτό το είδος, 42 miRNAs. Επιπλέον, η διερεύνηση του miRNome του ακανθερού έδειξε ότι τα πρώιμα αναπτυξιακά στάδια εξυπηρετήθηκαν από ένα μικρό σύνολο miRNAs εκφραζόμενα σε χαμηλές ποσότητες, ενώ στο τελευταίο υπό μελέτη σταδίο τόσο η ποικιλότητα όσο και ο αριθμός των αναγνώσεων των miRNA ήταν υψηλά.