Μοριακός χαρακτηρισμός ιών του γένους Polerovirus

Οι ιοί του γένους Polerovirus αποτελούν, αδιαμφισβήτητα, σοβαρά παθογόνα οικονομικώς σημαντικών καλλιεργειών, καθώς η μόλυνση από ιούς του γένους προκαλεί σημαντικές απώλειες στην παραγωγή. Ορισμένοι, όπως οι BWYV, CtRLV και PLRV, αποτελούν από τους πρώτους φυτικούς ιούς που χαρακτηρίσθηκαν παγκοσμίως, ενώ τα τελευταία χρόνια ο αριθμός των ειδών του γένους Polerovirus εμφανίζει μια ραγδαία αύξηση. Νέα είδη του γένους έχουν πλέον συσχετιστεί με ασθένειες τόσο σε «κλασικούς» ξενιστές, όπως η πιπεριά και τα κολοκυνθοειδή, όσο και σε φυτά τα οποία δεν είχαν αναφερθεί προηγουμένως ως ξενιστές ιών του γένους, όπως η κασάβα και η φράουλα. Στην Ελλάδα η παρουσία και η επιδημιολογία των polero-ιών έχει ελάχιστα μελετηθεί. Σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν ο προσδιορισμός των ιών του γένους Polerovirus και των συμπλεγμάτων που σχηματίζουν αυτοί με ιούς του γένους Umbravirus και τα aRNA στην Ελλάδα, ο μοριακός χαρακτηρισμός τους και η μελέτη των φυλογενετικών τους σχέσεων. Η επισκόπηση που πραγματοποιήθηκε έδειξε την σημαντική παρουσία των polero-ιών σε φυτικά είδη που ανήκουν σε διαφορετικές οικογένειες. Αντιθέτως, η παρουσία των συμπλεγμάτων ήταν μικρή και αφορούσε κυρίως τα φυτά της οικογένειας Apiaceae. Η παραλλακτικότητα που εμφάνισαν ορισμένες απομονώσεις στο τμήμα που ενισχύει η μέθοδος γενικής ανίχνευσης polero-ιών υπέδειξε την παρουσία νέων ειδών, η οποία επιβεβαιώθηκε με τον περαιτέρω μοριακό χαρακτηρισμό τους. Από τις φυλογενετικές ομάδες που δημιουργήθηκαν επιλέχθηκαν δυο για περαιτέρω μελέτη. Η πρώτη περιλαμβάνει τον ιό που εμπλέκεται με την ασθένεια του ίκτερου της πιπεριάς (PYD), ενώ η δεύτερη με αυτούς που σχετίζονται με το κοκκίνισμα/ποικιλόχρωση των σκιαδανθών (CMD). Απομονώσεις των ιών αυτών αλληλουχήθηκαν πλήρως με NGS και τα αποτελέσματα έδειξαν την ύπαρξη τριών νέων ειδών του γένους Polerovirus που σχετίζονται με τις ασθένειες CMD και PYD στην Ελλάδα. Στη συνέχεια, για να μελετηθούν οι αλληλεπιδράσεις των ιών της CMD, κατασκευάστηκαν τρεις μολυσματικοί κλώνοι, οι οποίοι είναι ικανοί να μολύνουν διάφορα φυτικά είδη, χωρίς όμως να βρεθεί ένας ξενιστής που να είναι κατάλληλος για την μελέτη της ασθένειας και των αλληλεπιδράσεων των ιών. Συνολικά η μελέτη αυτή έδειξε την υψηλή παραλλακτικότητα που υπάρχει στους polero-ιούς καθώς ταυτοποιήθηκαν 10 νέα ιικά είδη. Επιπλέον, αποδείχθηκε ότι διαφορετικοί polero-ιοί σχετίζονται με την ίδια ασθένεια (συμπτωματολογική εικόνα) σε έναν ξενιστή. Το γεγονός αυτό έχει άμεση επίπτωση στη μελέτη της επιδημιολογίας τους, καθώς οι ομάδες αυτές μπορεί να αποτελούνται είτε από συγγενικούς ιούς, είτε από φυλογενετικά απομακρυσμένα είδη. Ως εκ τούτου τα βιολογικά χαρακτηριστικά των ιών αυτών διαφέρουν, γεγονός που επηρεάζει την εξέλιξη της ασθένειας που προκαλούν, ανάλογα με την σύσταση της ιικής ομάδας, στην οποία είναι πολύ πιθανό να συμμετέχουν αρκετά ακόμα άγνωστα είδη polero-ιών.