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Quantitative LC‐MS liefert keinen Hinweis auf m 6 dA oder m 4 dC im Genom von Mausstammzellen und ‐geweben
Author(s) -
Schiffers Sarah,
Ebert Charlotte,
Rahimoff René,
Kosmatchev Olesea,
Steinbacher Jessica,
Bohne AlexandraViola,
Spada Fabio,
Michalakis Stylianos,
Nickelsen Jörg,
Müller Markus,
Carell Thomas
Publication year - 2017
Publication title -
angewandte chemie
Language(s) - German
Resource type - Journals
eISSN - 1521-3757
pISSN - 0044-8249
DOI - 10.1002/ange.201700424
Subject(s) - microbiology and biotechnology , chemistry , physics , biology
Bis vor kurzem war im Genom von höheren Organismen neben den kanonischen Basen nur 5‐Methyl‐dC (m 5 dC) als modifizierte Base zur Kontrolle epigenetischer Prozesse bekannt. Diese Ansicht änderte sich dramatisch mit der Entdeckung von 5‐Hydroxymethyl‐dC (hmdC), 5‐Formyl‐dC (fdC) und 5‐Carboxy‐dC (cadC) in DNA aus Stammzellen und Hirngewebe. Zuletzt wurde N 6 ‐Methyldesoxyadenosin (m 6 dA) im Genom diverser eukaryotischer Organismen entdeckt. Diese Base, zusammen mit N 4 ‐Methyldesoxycytidin (m 4 dC), war zuerst aus dem Bakteriengenom bekannt. In dieser Arbeit wurden die Level und die Verteilung dieser potentiell epigenetisch relevanten DNA‐Basen mithilfe einer neuen ultrasensitiven UHPLC‐MS‐Methode untersucht. Des Weiteren wurden quantitative Daten für m 5 dC, hmdC, fdC und cadC erhalten, aber m 4 dC und m 6 dA wurden in DNA aus Mausstammzellen sowie Gehirn‐ und Lebergeweben nicht detektiert, was deren epigenetische Relevanz infrage stellt.