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A Packing‐Density Metric for Exploring the Interior of Folded RNA Molecules
Author(s) -
Schwans Jason P.,
Li NanSheng,
Piccirilli Joseph A.
Publication year - 2004
Publication title -
angewandte chemie
Language(s) - German
Resource type - Journals
eISSN - 1521-3757
pISSN - 0044-8249
DOI - 10.1002/ange.200353575
Subject(s) - metric (unit) , chemistry , rna , computational biology , computer science , physics , biochemistry , biology , engineering , operations management , gene
Die komplizierten Architekturen von RNA‐Molekülen weisen häufig ausgedehnte dicht gepackte Kontaktflächen auf. Die Faltung der gut definierten P4‐P6‐RNA‐Domäne wurde mithilfe einer Reihe von 2′‐modifizierten Nucleotiden mit ähnlichen Molekülvolumina gestört. Die dabei erhaltenen Faltungsinterferenzen (siehe Bild) spiegeln die räumliche Umgebung der 2′‐Hydroxygruppen wider und definieren damit ein Maß für die Packungsdichte.