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Seasonal anomalies of salinity, phytoplankton chlorophyll a, and zooplankton volume off Baja California were examined from data obtained during 2001–2007. The analyses helped to identify a strong effect of physical processes on the pelagic ecosystem, diminishing near surface salinity and water column integrated phytoplankton biomass, and enhancing zooplankton volume. These changes are associated with an increase of the Pacific Decadal Oscillation (PDO) index, characterizing a warm phase of the index from summer 2002 to at least summer 2006. Negative chlorophyll a anomalies appear to respond to zooplankton grazing activity, with a possible top down effect during this period. Empirical orthogonal functions (EOFs) of Ekman drift reveal the seasonal and interannual patterns that describe the influence of upwelling zones, and there was a strong response to changes in the equatorward wind forcing from 2002 to 2006. The relationship between negative salinity anomalies and the two temporal EOF modes of Ekman drift was evident as a result of relaxation of coastal upwelling during this period. After 2006, the PDO index showed more neutral or negative values, defining the beginning of a cool phase, with positive nearsurface salinity anomalies off Baja California.  Se estudiaron las anomalias estacionales de salinidad, clorofila-a y del volumen del zooplancton obtenidas de datos recolectados frente a Baja California de 2001–2007. A partir de su analisis se identifico el efecto de procesos fisicos en el ecosistema pelagico, al disminuir la salinidad cercana a la superficie y la biomasa del fitoplancton integrada en la columna de agua, con un aumento en el volumen del zooplancton. Estos cambios se asociaron con un incremento en el indice de la Oscilacion Decadal del Pacifico (ODP), que caracteriza a un periodo calido del indice a partir del verano de 2002 y al menos hasta el verano de 2006. Las anomalias negativas de clorofila-a parecen responder al pastoreo por el zooplancton, con un posible efecto de arriba hacia abajo durante este periodo. Las funciones empiricas ortogonales (FEOs) de la deriva de Ekman describieron el patron estacional e interanual producido en las zonas de afloramientos costeros de 2002 a 2006, como una respuesta a los cambios en el forzamiento del viento hacia el ecuador. Las semejanzas entre las anomalias negativas de salinidad y la variabilidad en los dos modos temporales de las FEOs fueron evidentes en la serie de tiempo, como resultado del relajamiento en los afloramientos costeros durante el periodo calido. Despues de 2006, el indice de la ODP tuvo mayormente valores neutros o negativos, lo que parece delimitar el inicio de un periodo frio con anomalias positivas de salinidad frente a Baja California.

Pelagic ecosystem response to interannual variability off Baja California