Génétique médicale: Copy number variants (CNV)

scopiques, qui ont été appelées CNV. Les CNV sont réparties selon un ordre probablement pas tout-àfait aléatoire sur toutes les paires de chromosomes et varient d’un individu à l’autre en termes de nombre et de modèle de distribution. Il s’agit le plus souvent de duplications ou de délétions au niveau de certains segments de chromosomes. Ils comprennent par définition plus de 1000 paires de bases (1 kb), mais peuvent aussi s’étendre sur plusieurs millions de paires de bases (Mb). Bien que les CNV soient souvent situées dans des régions pauvres en gènes, ils recèlent globalement des centaines de gènes codant et d’éléments régulateurs. Les gènes qui se trouvent à l’intérieur des CNV ne semblent généralement pas jouer un rôle important dans le développement embryonnaire, mais plutôt intervenir dans les interactions avec l’environnement, par exemple dans la perception des odeurs ou dans les défenses contre les infections. Des estimations prudentes suggèrent que nos chromosomes abritent environ 1500 régions CNV et que ces dernières comptent pour plus de 10% du génome humain. La découverte des CNV n’a été rendue possible que grâce à la technique dite analyse array-CGH (Comparative Genomic Hybridization) (cf. Highlight sur la médecine génétique publié dans Forum en 2006 [2]). Cette méthode consiste à marquer par fluorescence de manière différenciée un ADN de test (patient) et un ADN de référence (sujet contrôle), puis de les fixer de manière compétitive sur un porte-objet (array). Celui-ci renferme des segments d’ADN recouvrant la totalité de l’hérédité de la manière la plus régulière possible. L’ADN testé et l’ADN de référence se fixent sur les fragments d’ADN correspondants de l’array. Le rapport entre les deux signaux de fluorescence détecte la présence éventuelle de gains (duplication) ou de pertes (délétion) de matériel au niveau d’un segment donné de l’ADN testé (fig. 1 x). La méthode de l’array-CGH permet donc de «scanner» au moyen d’une seule expérience et avec un pouvoir de résolution très élevé le génome entier d’un individu à la recherche de duplications et de délétions. La méthode de l’arrayCGH constitue un véritable «saut quantique» dans le diagnostic médical génétique et s’est établi depuis quelque temps maintenant dans la pratique clinique quotidienne. Elle a remplacé entre-temps l’examen chromosomique conventionnel (détermination du caryotype) dans certains domaines du diagnostic. L’exemple typique d’une application de cette technique est celui des enfants porteurs de malformations multiples et/ou handicapés mentaux. L’emplo