First insights into the fecal bacterial microbiota of the black–tailed prairie dog (Cynomys ludovicianus) in Janos, Mexico

espanolLas bacterias intestinales son un indicador importante de la salud de su hospedero y la incorporacion de una evaluacion periodica de la composicion taxonomica de estos microorganismos en los planes de gestion y conservacion puede ser una herramienta valiosa para detectar cambios que puedan poner en peligro la supervivencia de las poblaciones amenazadas. En este estudio describimos la diversidad y abundancia de las bacterias fecales de una especie amenazada, el perrito de la pradera de cola negra (Cynomys ludovicianus), en la Reserva de la Biosfera de Janos, en Chihuahua, Mexico. Se analizaron muestras fecales mediante secuenciacion masiva de siguiente generacion y se amplifico la region V3–V4 del gen que codifica el ARNr 16S utilizando la tecnologia Illumina. Los resultados se analizaron con QIIME a partir de la referencia EzBioCloud. Se identificaron 12 filos, 22 clases, 33 ordenes, 54 familias y 263 generos. Los filos Firmicutes y Bacteroidetes, que fueron los grupos mas abundantes, se asocian con comunidades intestinales saludables y una alta eficiencia en la dieta energetica. La mayoria de los generos bacterianos detectados en este estudio para C. ludovicianus no son patogenos y se encuentran habitualmente en las heces de mamiferos. Algunas de las otras bacterias estan asociadas al suelo, el agua y las plantas, posiblemente en relacion con el habitat del perrito de las praderas de cola negra. Este es el primer estudio que reporta las bacterias fecales de C. ludovicianus en Mexico y que proporciona un punto de referencia para determinar la salud de esta especie con vistas a utilizar esta informacion en estrategias de conservacion a largo plazo. EnglishIntestinal bacteria are an important indicator of the health of their host. Incorporating periodic assessment of the taxonomic composition of these microorganisms into management and conservation plans can be a valuable tool to detect changes that may jeopardize the survival of threatened populations. Here we describe the diversity and abundance of fecal bacteria for the black–tailed prairie dog (Cynomys ludovicianus), a threatened species, in the Janos Biosphere Reserve, Chihuahua, Mexico. We analyzed fecal samples through next generation massive sequencing and amplified the V3–V4 region of the 16S rRNA gene using Illumina technology. The results were analyzed with QIIME based on the EzBioCloud reference. We identified 12 phyla, 22 classes, 33 orders, 54 families and 263 genera. The phyla Firmicutes and Bacteroidetes were the most abundant groups and are associated with healthy intestinal communities and high efficiency in the energy diet. Most of the bacterial genera reported here for C. ludovicianus are not pathogenic and are normally found in mammalian feces. Some of the other bacteria are associated with soil, water and plants, possibly in relation to the habitat of the black– tailed prairie dog. This is the first study to report the fecal bacteria of C. ludovicianus in Mexico and it provides a baseline for determining this species' health for use in long–term conservation strategies.