COMPARATIVE ANALYSIS OF CRISPR-CAS SYSTEM STRUCTURES OF YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS IP32953 AND IP31758

Псевдотуберкулёз сохраняет свою актуальность для здравоохранения России и многих зарубежных стран. Для мониторинга популяций Y. рseudotuberculosis перспективно использование CRISPR-типирования, обладающего, как показано при изучении Y. pestis, высокой разрешающей способностью. Цель настоящего исследования: охарактеризовать и сравнить CRISPR-локусы штаммов Yersinia pseudotuberculosis IP32953 и IP31758, вызывающих, соответственно, классическую псевдотуберкулёзную инфекцию и дальневосточную скарлатиноподобную лихорадку. Материалы и методы. Проанализированы полногеномные последовательности штаммов Y. pseudotuberculosis IP329353 и IP31758 (NC_006155 и NC_009708 соответственно). Поиск, идентификация и анализ CRISPR-систем выполнены с использованием онлайн-приложений CRISPROne, CRISPRDetect и CRISPRTarget. Результаты. В геноме исследуемых штаммов обнаружены CRISPR-Cas системы, которые включают в себя один набор cas-генов и несколько локусов, значительно удалённых друг от друга. В геноме штамма Y. pseudotuberculosis IP329353 три локуса: YP1, находящийся в непосредственной близости от cas-генов, YP2 и YP3. CRISPR/Cas-система Y. pseudotuberculosis IP31758 представлена только двумя кассетами – YP1 и YP2. CRISPR-системы исследуемых штаммов не имеют одинаковых спейсеров. CRISPR/Cas-системы исследованных штаммов отличаются количеством CRISPR-локусов, их спейсерным составом и структурой cas-белков. Заключение. Полученные результаты определяют перспективу использования CRISPR-локусов в качестве специфических молекулярных маркеров штаммов при изучении внутривидового разнообразия и эволюции Y. pseudotuberculosis.