Staphylococcus aureus izolatlarının tiplendirilmesinde çoklu lokus değişken sayı tekrar analizi (MLVA) ve darbeli alan jel elektroforez (PFGE) yöntemlerinin karşılaştırılması

Bu calismada, Staphylococcus aureus (S. aureus) bakterisi icin, coklu lokus degisken sayi tekrar analizi (MLVA) yonteminin, altin standart olarak bilinen molekuler tiplendirme yontemi darbeli alan jel elektroforezi (PFGE) ile ayirt edebilme performansi arastirildi. S. aureus icin PFGE yonteminden elde edilen sonuclarin MLVA yontemi ile ne oranda saglanabilecegi belirlenmeye calisildi. Bu sayede rutin kullanimlarda zorlu bir yontem olan PFGE yonteminin, daha kolay ve dusuk maliyetli bir yontem olan MLVA ile rutin de yer degistirmesinin olanagi arastirildi. MLVA yontemi hizli bir DNA izolasyon yontemi sonrasi, sdrCDE, clfA, clfB, sspA ve spa lokuslari icin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yontemi kullanilarak gerceklestirildi. PFGE yontemi ise SmaI enzimi kullanilarak elde edilen genomik DNA fragmanlari ile gerceklestirildi. Bantlama modeli, hem gorsel olarak hem de Bionumerics yazilimi ile analiz edildi. PFGE ile izolatlar 2 kume ve 16 alt tipe ayrilirken, MLVA ile ayni izolatlar, kume olusturmaksizin 31 alt tipe ayrildi. PCR temelli bu yontem ile, PFGE yontemi ile ayirt edilemeyen alt tiplerin ayirt edilebildigi goruldu. Bu sebep ile MLVA yonteminin ayni PFGE paternleri ile ilgisiz suslari daha iyi tanimlamak veya iliskili izolatlarin yakin genetik kompozisyonunu dogrulamak icin yuksek epidemiyolojik cozunurluge sahip, alternatif, verimli molekuler tipleme yontemi olarak kullanilabilecegi sonucuna varildi.