YÜZDE TABANLI STRİNG EŞLEME PROBLEMİ İÇİN YENİ BİR DONANIM MODÜLÜ TASARIMI

Bir verinin bir dizgi icerisinde veya bir gen yapisinin bir DNA gen dizilimi icerisinde arama isleminin gerceklestirilmesi icin cesitli algoritmalar kullanilmaktadir. Kullanilan bu algoritmalardan bazilari bize mutlak eslesme olmadigi durumlarda olumsuz donut vermekte, bazilari ise “bunu mu ariyorsunuz” diye alternatifler sunmaktadir. Her iki algoritma da genel amacli PC’lerde saniyeler suren islemler sonucunda bize donut verebilmektedir. Bu calismada bize hem mutlak eslesmeyi hem de hedef dizgi icinde yuzdelik eslesme oranlarinin gerceklestigi konumu veren FPGA ciplerine yonelik yuksek performansli bir donanim modulu tasarlanmistir. Gelistirilen modulun veri isleme hizi farkli PC’lerle karsilastirilmis ve 2300 kata kadar daha hizli arama gerceklestirdigi karsilastirma sonuclarindan elde edilen veriler ile dogrulanmistir.