Investigations on pleiotropy and genome wide association analyses by random effects using QTL-MAS 2010 dataset

Molekuler genetikteki son gelismeler fenotipler ile iliskili olabilen baskalasimlarin: yuz binlerce tekil nukleotit polimorfizmi ile saptanmasina olanak tanimistir. Damizlik degerlerin karisik modellerde cevap degiskeni olarak kullanilmasi ile genom tabanli iliskiler tespit edilebilir. Pleiotropi nedeni ile farkli fenotipler birbirleri ile bagintili olabilmekte ve boylece gen aglari olusturulabilmektedir. Dolayisi ile bu calismanin amaclari a) pleiotropinin temel bilesenler analizi ile tespiti b) Ridge regresyonu kullanarak genomik damizlik degerlerin tahmini ve c) b)’den elde edilen damizlik degerler ile iliski analizini benzesim yolu ile elde edilmis QTLMAS 2010 veri seti ile yapmaktir. Verimden sorumlu bolge (QTL)’lerin buyuk cogunlugu 1 ve 3. kromozomlarda bulundu. Gercek ve tahmin edilen damizlik degerler arasindaki en yuksek korelasyon Gauscu cekirdek ile bulundu (0.557). Birinci ve ikinci temel bilesenler ile pleiotropi tespitinde basari oranlari 0.2717 ve 0.1714; hata oranlari ise 0.5952 ve 0.6400 olarak bulundu. Genomik damizlik degerlerinin cevap degiskeni olarak kullanilmasi fenotiplerin kullanimina oranla daha yuksek basari orani ve daha dusuk hata oranlari verdi. Pleiotropik genlerin tespitinde kalitim derecesi ve cesitliligi en yuksek olan ilk temel bilesenin kullanilmasi QTLMAS 2010 veri seti icin daha iyi sonuc vermistir