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Sequencias repetitivas representam a maior porcao dos genomas das plantas, sendo os elementos transponiveis (ETs) os mais abundantes e classificados de acordo com seu mecanismo de transposicao. Elementos de Classe I (retrotransposons) sao sintetizados e transpostos usando um RNA intermediario, sendo mais acumulados que os de Classe II (transposons), que usam o mecanismo de corta-e-cola. As especies de Eleocharis possuem cromossomos holocentricos, alta frequencia de disploidia, o que poderia levar a estresse genomico e a expressao de ETs. Nosso objetivo foi comparar a ocorrencia e a distribuicao de linhagens dos retrotransposons Copia e Gypsy em cromossomos de Eleocharis , e relaciona-las com o conteudo de DNA. Foram selecionadas especies com diferentes niveis de ploidia, conteudo de DNA e algumas com rearranjos cromossomicos. Essas amostras foram analisadas por citometria de fluxo, analises genomicas e citogenetica molecular. Os genomas de E. elegans e E. geniculata, parcialmente sequenciados por Illumina, serviram como fonte para a busca de trechos conservados de retrotransposons com LTR (LTR-RTs). Linhagens foram isoladas e comparadas usando dominios conservados da transcriptase reversa, integrase e RnaseH. Tais sequencias foram usadas para o desenho de primers e producao de sondas. Os dados do sequenciamento mostraram que os LTR-RTs representam a maior fracao repetitiva desses genomas, com predominância de membros dos clados Athila/Tat e Sirevirus. Os dados de citogenomica evidenciaram uma correlacao positiva entre o aumento dos niveis de ploidia e a quantidade de DNA nuclear, atribuida principalmente a poliploidia, e nao pelo efeito direto dos retrotransposons. A FISH mostrou que os retrotransposons podem ocorrer dispersos e em blocos, mas com diferencas na quantidade e localizacao fisica entre as linhagens e entre especies. Embora nao haja uma distribuicao especifica para cada linhagem nos holocentricos, se comparado com os monocentricos, a linhagem CRM apareceu colocalizada com os holocentromeros em algumas hibridizacoes. Apesar do sequenciamento de baixa cobertura ter sido util no estudo da diversidade de LTR-RTs, a uniao de todas as tecnicas permitiu relacionar os niveis de ploidia com o conteudo de DNA e a atividade dos retrotransposons.

Papel do retrotransposons na diversidade cariotípica e genômica em Eleocharis (Cyperaceae)