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In dieser Arbeit wird auf Grundlage experimenteller Ergebnisse an einem computergenerierten Modellsystem gezeigt, wie DNA-Sequenzen die Detektion von Hybridisierungen auf einem DNAMikroarray beeinflussen. Die Ergebnisse zeigen, dass neben Kreuzhybridisierungen auch Sekundarstrukturen (z. B. Haarnadelstrukturen) vermieden werden. Anderenfalls verringert sich die Empfindlichkeit und Nachweisgrenze des Sensors. Die vorgestellten Untersuchungen beruhen auf dem Messprinzip der Oberflachenplasmonenresonanzspektroskopie (SPR). Es ist eine markierungsfreie Methode. Die Sensorschicht besteht aus einem 50 nm dicken Goldfilm, auf dem einzelstrangige und thiolmodifizierte SondenDNA immobilisiert ist. Die Adresssequenzen dieser Sonden werden als Anti-TAGs bezeichnet. Detektiert wird die Hybridisierung von einem Produkt der Polymerase-Kettenreaktion (PCR). Das PCR-Produkt besteht aus einer 300 Basenpaar-langen Doppelhelix mit einem 25 Basen-langen einzelstrangigen Uberhang (TAG), der komplementar zu einer Anti-TAG-Sequenz ist (TAG/Anti-TAG-System).

DNA-Sequenzauswahl und ihr Einfluss auf die Hybridisierung auf SPR-Mikroarrays