English (United Kingdom)

https://curated-unify.zendy.io/wp-json/zendy-region/v1/featured_content/oa?rat=en

https://curated-unify.zendy.io/wp-json/zendy-region/v1/highlighted_journal/

Global: Zendy Plus annual

Presents the access of premium content as premium feature

Premium Content

Presents the keyphrase highlighting as premium feature

Keyphrase Highlighting

Presents the summarisation as premium feature

Summarisation

Insights

Presents the pdf analysis as premium feature

PDF Analysis

Presents the zaia usage as premium feature

ZAIA

Global: Zendy Tools annual

Global: Zendy Free Plan

Global: Zendy Tools monthly

Global: Zendy Plus monthly

INTRODUÇÃO O primeiro conjunto de parâmetros atômicos para lipopolissacarídeos (LPS) foram desenvolvidos e validados [1,2] através de simulações atomísticas de membranas externas bacterianas;[3,4] e de porinas imersa nestas matrizes.[5,6]. Avanços na área de caracterização experimental de estruturas de carboidratos e membranas tornaram necessário o refinamento e reparametrização de um novo conjunto de parâmetros atômicos para membranas LPS compatíveis com os novos resultados experimentais. Com este intuito, um conjunto de parâmetros atômicos específicos para LPS e compatível com o campo de força AMBER foi desenvolvido para reproduzir propriedades estruturais de membranas de LPS do quimiotipo rugoso (Rough LPS) [3]. Este conjunto de parâmetros foi validado através da comparação de simulações da ordem de 1 s com medidas experimentais disponíveis na literatura, mostrando um desempenho satisfatório na reprodução de propriedades estruturais, de solvatação e eletrostáticas. Subsequentemente este conjunto de parâmetros foi expandido para a representação de quimiotipos de LPS [7, 8].   e a investigação do efeito de diferentes cátions [9] e peptídeos antimicrobianos no polimorfismo supramolecular de membranas lipopolissacarídicas [10,11]. Adicionalmente, o campo de força GROMOS foi expandido para a inclusão de parâmetros para membranas lipopolissacarídicas [4, 11]. O desenvolvimento e validação dos parâmetros atômicos clássicos através da reprodução criteriosa de medidas experimentais para membranas lipopolissacarídicas possibilitou a investigação de novos fenômenos moleculares. Um exemplo é o efeito de diferentes cátions na estabilidade e dinâmica estrutural de agregados lipopolissacarídicos [9].  O objetivo do presente trabalho é investigar a compatibilidade de parâmetros do campo de força GROMOS para lipopolissacarídeos com o modelo de água SPC/E usando um raio de corte simples para termos não-ligados e cargas atômicas [12]. Neste pôster serão discutidas propriedades dinâmicas para os sistemas simulados, e enquanto que propriedades estruturais para os mesmos sistemas serão discutidos no pôster apresentado por Manuela Nader e coautores. MATERIAIS E MÉTODOS O modelo de membrana externa(ME) de bactéria Gram negativa é composta por 72 moléculas lipopolissacarídeas(LPS) pentaaciladas . A parte interna foram adicionadas 180 moléculas de 1-2-dipalmitol3-fosfotidiletanolamina(DPPE), a parte externa foram adicionados 288 Ca e os modelos de água. As bicamadas de LPS foram equilibradas até a convergência, por um tempo de 100ns e duplicadas para garantir repetibilidade. Para equilibração do sistema foi utilizado o ensemble NPT com passo de 2 fs. Utilizou-se algoritmo LINCS [13] e SETTLE [14] para o comprimento entre as ligações do soluto e a geometria da água. As velocidades iniciais foram extraídas através da distribuição de Maxwell-Boltzmann a 310K e 1bar. O tempo de relaxação para o termostato foi de 0,4 ps [15]. A pressão foi mantida a 1 bar nas direções lateral e normal em relação à bicamada por acoplamento fraco a um banho de pressão semi-isotrópico com um tempo de relaxamento de 0,1 ps e compressibilidade isotérmica [16]. As simulações de dinâmica molecular para ME foram simuladas a partir de dois modelos de água distintos, o simple point charge (SPC) [17] e extended simple point charge (SPC/E) [18], a partir dos tratamentos de carga eletrostática: reaction field (RF) [19] usando Unidade Central de Processamento (CPU) e particle Mesh Ewald (PME) [20] com unidade de Processamento gráfico(GPU), resultando em 4 experimentos distintos. As correções de RF para as interações de longa distância foram com raio de corte simples de 1,4 nm e constante de permissividade de 66 [21-22], enquanto para PME, o raio de corte foi 1,2 nm com interpolação de 4a ordem de cargas em espaçamento de Fourier de 0,16nm. A lista de pares não ligados foi atualizada a cada 5 passos para RF e PME. As trajetórias foram gravadas a cada 2 ps. Os solutos contam com a mesma quantidade de átomos. Para manter a mesma dimensão para das caixas de simulação houve alteração na quantidade de átomos para o modelo SPC e SPC/E (i.e. SPC=30699, SPC/E=30507). Todas as simulações foram realizadas a partir do pacote de programa GROMACS 4.6.7. Os parâmetros atômicos para as interações de van der Waals para carboidratos foram extraídos de GROMOS 45A/53A6 [23] As análises das propriedades foram realizadas através dos programas GROMACS [24] e SuAVE [25].

COMPATIBILIDADE DE PARÂMETROS DO CAMPO DE FORCA GROMOS PARA LIPOPOLISSACARÍDEO COM MODELOS DE AGUA SPC/E, RAIO DE CORTE SIMPLES PARA TERMOS NÃO-LIGADOS E CARGAS ATÔMICAS: PROPRIEDADES DINÂMICAS