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Stability of pathogen populations characterised by slow temporal variation is important for durability of disease management systems in any  agroecology. Temporal variation in population structure is attributed to factors related to ecology, biology and life history, and varies among organisms and ecosystems. The objective of this study was to investigate genetic variability of Cercospora zein a (previously called Cercospora zeae-maydis Type II) populations in maize (Zea mays) producing areas under Uganda conditions. Populations of the fungus were analysed for genetic variability using a fluorescent amplified fragment length  polymorphism (AFLP) technique. Little or no genetic differentiation (ΦF ST 0.05) was detected for populations sampled within the same year, within an agroecology. However, a weak to moderate population structure was detected between populations from different locations, within the same (ΦF ST = 0.08) or different agroecologies (ΦF ST = 0.09). Pair-wise comparisons using ΦF ST gene diversity and genetic distance, showed a reduction in genetic diversity in younger populations, suggestive of minor effects of selection and genetic drift. Overall, the data suggest that during the 3 years of study the impact of selection and genetic drift on C. zeina populations in the two Ugandan agroecologies is slow, but progressive leading to homogenetity with agroecologies and differences between agroecologies. Key Words : Cercospora zeae-maydis, Cercospora zeina , genetic, structure, Zea mays La stabilite des populations d’agents pathogenes caracterisee par une faible variation dans le temps, est importante pour la durabilite dans les systemes de gestion des pathologies des plantes dans n’importe quelle zone agroecologique. La variation dans le temps au sein d’une population, est fonction de facteurs relatifs a l’ecologie, la biologie et l’histoire de vie des pathogenes. Elle varie d’un etre vivant a un autre et d’un ecosysteme a un autre. L’objectif de cette etude etait d’evaluer la variabilite genetique au sein des populations de Cercospora zeina (precedemment appele Cercospora zeae-maydis Type II) dans les zones productrice de mais (Zea mays) en Ouganda. Les populations de ce champignon microscopique ont ete soumises a une etude de variabilite genetique grâce a la technique du polymorphisme de longueur de fragments amplifies (AFLP). Tres peu ou aucune variation genetique (ΦF ST 0.05) n’a ete observee pour les  populations echantillonnees au cours de la meme annee, dans une zone agro-ecologique donnee. Neanmoins, une structure populationnelle  d’envergure faible a moderee a ete observee entre les populations de differentes origines, (ΦF ST = 0.08) a l’interieur d’une meme population ou (ΦF ST = 0.09) entre les populations de differente zones agro ecologique. La comparaison par paires utilisant ΦF ST diversite des genes et distance genetique, a montre une reduction de diversite genetique dans les  populations les plus jeunes, suggerant ainsi un effet mineur de selection et de derive genetique. Au total, les donnees collectees indiquent un faible impact de selection et de derive genetique sur les populations de C. zeina dans les deux zones agro-ecologiques Ougandaise durant les 3 annees de l’etude, mais cet impact est progressif et responsable de l’homogeneite au sein des zones agro-ecologiques et des differences entre les zones  agro-ecologiques. Mots Cles : Cercospora zeae-maydis , Cercospora zeina , genetique, structure, Zea mays

Clustering common bean mutants based on heterotic groupings