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The present study investigates the separation of the cis/trans isomers of fatty acids on the 75 m SP2560 column under different gas chromatographic (GC) conditions including an isothermal program and a time-temperature program. The time-temperature program showed improved separation of cis/trans isomers of C14:1, C16:1, C18:1, C18:2 and C18:3 fatty acids along with short chain fatty acids compared to the isothermal program. The separation of trans/trans isomers of C18:1 fatty acids including elaidic acid (C18:1 ∆9t) and vaccenic acid (C18:1 ∆11t) was difficult with the time-temperature program. The thin layer chromatography impregnated with silver nitrate (Ag- TLC) method was performed to separate cis/trans fractions and GC analysis was carried out with the trans fraction. But GC analysis showed a co-elution of trans isomers of C18:1 fatty acid. Thus the study shows that a time-temperature programmed GC method with the highly polar cyanopropyl column is sufficient to resolve trans fatty acids along with short chain fatty acids when a large number of samples has to be analyzed. El presente estudio investiga la separación de isómeros cis/trans de ácidos grasos mediante cromatografía de gases (GC) utilizando una columna de SP2560 de 75 m y diferentes condiciones que incluyen un programa isotérmico y una programación temperatura-tiempo. La programación temperatura- tiempo mostró una mejor separación de isómeros cis / trans de los ácidos grasos C14:1, C16:1, C18:1, C18:2 y C18:3 con los ácidos grasos de cadena corta en comparación con el programa isotermo. La separación de los isómeros trans/trans de los ácidos grasos C18:1 incluyendo ácido elaídico (C18:1 Δ9t) y ácido vaccénico (C18:1Δ11t) fué difícil mediante programación temperatura-tiempo. La cromatografía en capa fina impregnada con nitrato de plata (Ag-TLC) se realizó para separar fracciones cis/trans y el análisis de la fracciones se llevó a cabo mediante GC. El análisis GC mostró co-elución de los isómeros trans del ácido graso C18:1. Así, el estudio muestra que una programación temperatura-tiempo en GC con columna de cianopropilo altamente polar es suficiente para resolver los ácidos grasos trans, junto con los ácidos grasos de cadena corta cuando un gran número de muestras tiene que ser analizado

Separation of <i>cis/trans</i> fatty acid isomers on gas chromatography compared to the Ag-TLC method