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En la actualidad se ha producido un considerable esfuerzo para desarrollar algoritmos que comparan las secuencias de macromoleculas biologicas (proteinas, ADN y ARN), cuyo objetivo es detectar las relaciones evolutivas tanto estructurales como funcionales. Este es el principal problema de la biologia computacional, estas tareas se llevan a cabo, actualmente, por las herramientas de la bioinformatica que han sido desarrolladas con algoritmos secuenciales. La programacion dinamica, tanto los algoritmos de alineamiento locales (Smith-Waterman) y alineamiento global (Needleman-Wunsch) determinan el alineamiento optimo de dos secuencias. Actualmente, las computadoras que tienen mas de un nucleo estan disponibles para el usuario comun, y para usar los multiples procesadores de la computadora, es necesario conocer los paradigmas de programacion paralela. Este trabajo, presenta una nueva propuesta algoritmica para el alineamiento global usando la programacion paralela, esto requiere de una nueva reformulacion del algoritmo de Needleman Wunsh. La implementacion del Algoritmo Paralelo ha requerido hacer un llenado de la matriz de scores por sus antidiagonales con todos los procesadores disponibles. El software utilizado para ello fue el C# con la libreria TPL (“Task Parallel Library”), la aplicacion compara el algoritmo de Needleman- Wunsch con este nuevo algoritmo, comprobando los tiempos de respuesta. Los resultados muestran que el algoritmo paralelo propuesto reduce el tiempo de respuesta en comparacion con el algoritmo de alineamiento global de Needleman-Wunsch.

PROPUESTA DE UN ALGORITMO PARALELO PARA EL PROCESO DE ALINEAMIENTO DE PARES DE SECUENCIAS BIOMOLECULARES