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La filogenetica es la ciencia que estudia las relaciones entre organismos basandose en su proximidad evolutiva. La forma mas visual y conveniente de representar estas relaciones es a traves de los arboles filogeneticos. El analisis filogenetico es un proceso formado por distintas etapas cuya finalidad es poder reconstruir dichos arboles. Estas etapas pueden incluir: estudio de modelos evolutivos (modelos matematicos que intentan explicar de la forma mas fiel posible la evolucion real de los organismos), analisis estadistico, alineamiento de secuencias,... Actualmente el coste computacional limita de forma practica tanto la realizacion de filogenias extensivas (tratando miles y decenas de miles de secuencias) como la aplicacion de modelos evolutivos mas generales, interesantes y explicativos que el modelo uniforme (usado en tamanos de problema reducidos). Por otro lado, los procesos de secuenciacion de cadenas biologicas no estan exentos de errores, los cuales pueden aparecer en cualquier lugar de la secuencia. Hasta la fecha, todo proceso de verificacion requiere la actuacion manual de un experto en el campo, lo que es un proceso muy costoso. El trabajo aborda tres aspectos especificos: i) el desarrollo e implementacion de un sistema de inferencia filogenetica que concentra varios metodos sobre analisis de secuencias y estudio de filogenias que no se habian unido hasta el momento; ii) el desarrollo e implementacion de una aplicacion para la deteccion automatica de errores en las cadenas obtenidas en los procesos de secuenciacion; iii) el estudio teorico de nuevos algoritmos para la caracterizacion de problemas entre aquellos que se consideran como no resolubles en la actualidad.

Análisis filogenético molecular: Diseño e implementación de algoritmos escalables y fiables y verificación automática de propiedades de una filogenia