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El doctorado es un programa interuniversitario que desarrollan tres universidades estatales costarricenses: el Instituto Tecnológico de Costa Rica (TEC), la Universidad Nacional (UNA) y la Universidad Estatal a Distancia (UNED) con la participación de varias escuelas de estas. Además, colaboran dos universidades mexicanas en calidad de socias: la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y la Universidad Autónoma de Chapingo (UACh), una universidad nicaragüense: la Universidad Autónoma de Nicaragua en León (UNAN) y una universidad cubana, la Universidad de Ciego de Ávila (UNICA) (Charpentier, Hernández, Fedorov y Rojas, 2016; Ramírez, 2012). Su primer grupo inició en el 2005 y desde ese momento, por elección de los docentes, la Coordinación General está en la Sede Regional del TEC, en la Escuela de Agronomía.

La acreditación del Doctorado en Ciencias Naturales para el Desarrollo: un hito en la historia de las universidades costarricenses