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Glossina palpalis gambiensis possede, comme les autres especes du sous-genre Nemorhina (Groupe palpalis), quatre autosomes (2 L1 + 2 L2) et deux chromosomes sexuels (XX ou XY). Les especes du sous-genre Glossina (Groupe morsitans), possedent en outre un jeu de petits chromosomes surnumeraires, heterochromatiques, dont le nombre varie d'une espece, ou sous-espece, a l'autre. Les euchromosomes (L1, L2, X) sont tres semblables dans les deux sous-genres. Par contre, le chromosome Y, heterochromatique, est presque acrocentrique chez G. f. fuscipes et G. m. morsitans, alors qu'il est metacentrique chez G. p. gambiensis, G. p. palpalis, G. tachinoides, G. austeni, G. m. submorsitans et G.m. centralis

Caryotype de Glossina palpalis gambiensis, Vanderplank, 1949. Comparaison avec d'autres espèces du groupe palpalis et du groupe morsitans