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Introdução Para a melhor compreensão dos fenômenos físicos e químicos observados em sistemas biológicos os métodos de simulação e modelagem computacional são, sem dúvida, uma ferramenta poderosa. Estes métodos de simulação complementam e estreitam a ligação entre a teoria e o experimento, contribuindo significativamente para o melhor entendimento dos sistemas investigados. O método de Dinâmica Molecular tornou-se popular e poderoso para o estudo de bicamadas lipídicas e proteínas de membrana na última década devido aos avanços nas áreas de software e hardware. Entretanto, algumas simulações de Dinâmica Molecular deste tipo de sistema podem envolver um número elevado de átomos, o que resulta em tempos de simulação muito altos, o que é altamente indesejável na fase de equilibração do sistema. Neste trabalho apresentamos o desenvolvimento de um script cuja finalidade é inserir proteínas de membrana em bicamadas lipídicas causando a mínima perturbação possível, de modo a minimizar o tempo de simulação necessário para o reestabelecimento do estado de equilíbrio do sistema. O método foi aplicado na inserção do peptídeo de fusão da proteína E do vírus da dengue em bicamadas puras e mistas. Os resultados obtidos apontam mínima perturbação na bicamada devido ao processo de inserção do peptídeo. O método desenvolvido foi desenvolvido baseado nas ideias contidas no trabalho de Christian Kandt1, Artigo Geral 71

revista processos químicos

Desenvolvimento de Ferramenta para a Inserção com Baixa Perturbação de Proteínas de Membrana em Bicamadas Lipídicas para Simulações de Dinâmica Molecular