English (United Kingdom)

https://curated-unify.zendy.io/wp-json/zendy-region/v1/featured_content/oa?rat=en

https://curated-unify.zendy.io/wp-json/zendy-region/v1/highlighted_journal/

Global: Zendy Plus annual

Presents the access of premium content as premium feature

Premium Content

Presents the keyphrase highlighting as premium feature

Keyphrase Highlighting

Presents the summarisation as premium feature

Summarisation

Insights

Presents the pdf analysis as premium feature

PDF Analysis

Presents the zaia usage as premium feature

ZAIA

Global: Zendy Tools annual

Global: Zendy Free Plan

Global: Zendy Tools monthly

Global: Zendy Plus monthly

Human genes HBB, HBD and F9 belong to the hematopoiesis system. The deficiency or excess of these genes’ products is the cause of hereditary thalassemias of various severity and haemophilia B Leyden. Previously, it was shown that a number of annotated single-nucleotide polymorphisms of TATA boxes of these genes associated with the occurrence of ßand δ-thalassemia affect the interaction with the TATAbinding protein, the interaction changing proportionally with the change in the number of gene products. In the present work, we investigate the effect of rare not annotated single-nucleotide polymorphisms (SNPs) of TATA boxes of these genes with an unknown manifestation on the TATA-binding protein interaction. To study the kinetic char acteristics of TBP/TATA complex formation in vitro, doublestranded oligodeoxynucleotides identical to the TATA-containing portions of the promoters of the HBB, HBD and F9 genes (“normal” and minor alleles) and recombinant human TBP were used. It was shown that the TATA-box SNP of –25A > C (rs281864525) and the deletion of the –25AA (rs63750953) TATA-box of the β-globin gene have the same effect on the TBP/TATA affinity, which decreases 3-folds in both cases. However, the effect of these substitutions on the rate of the TBP/TATA complex formation is significantly different: SNP –25A > C decreases the rate 5-fold, and the deletion decreases the rate more than 7-fold. The influence of substitutions on the strength of the TBP/TATA complexes has a different effect. If in the case of SNP –25A > C the strength of the complexes increases 1.8-fold, then in the case of the –25AA deletion, the strength of the complexes increases 2.4-fold, even though the affinity of the TATAbinding protein to the TATA box decreases. A comparison of experimental values of affinity (KD) of the TBP/TATA Гены человека HBB, HBD и F9 относятся к системе кроветворения. Недостаток или избыток продуктов этих генов является причиной наследственных талассемий разной тяжести и гемо филии В Лейдена. Ранее нами было показано, что ряд аннотированных однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs) ТАТА-боксов этих генов, ассоциированных с возникновением ß-, δ-талассемий и гемофилии В Лейдена влияет на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком (TBP), изменение взаимодействия пропорционально изменению количества продуктов этих генов. В настоящей работе исследуется влияние редких неаннотированных SNPs ТАТА-боксов этих генов на взаимодействие ТАТА-связывающего белка. Для изучения кинетических характеристик образования комплексов ТВР/ТАТА in vitro используются двуцепочечные олигодезоксинуклеотиды, идентичные ТАТА-содержащим участкам промоторов генов HBB, HBD и F9 (нормальным и минорным аллелям), и рекомбинантный ТВР человека. Показано, что замена –25A > C (rs281864525) и делеция –25АА (rs63750953) ТАТА-бокса гена ß-глобина одинаково влияют на аффинность ТВР/ТАТА, которая падает в обоих случаях в три раза, но значительно различается влияние этих SNPs на скорость образования комплексов ТВР/ТАТА: –25A > C приводит к снижению скорости в пять раз, а делеция (–25AA) – к снижению скорости более чем в семь раз. Различное влияние замен оказывается и на прочность комплексов ТВР/ТАТА. Если в случае –25A > C прочность комплексов увеличивается в 1.8 ра за, то при делеции –25АА прочность комплексов возрастает в 2.4 раза, несмотря на уменьшение сродства ТАТА-связывающего белка к ТАТА-боксу. Сравнение изменения экспериментальных значений сродства (KD) ТВР/ТАТА нормальных и минорных аллелей c прогнозируемыми показало, что данные хорошо коррелируют друг с другом: коэффициент линейной корреляции r = 0.94 (α < 0.0001). Комплексный подход к изучению редких полиморфизмов может привести к определению наиболее чувствительных маркеров орфанных заболеваний, что внесет вклад в разработку надежных и быстрых методов их диагностирования и лечения.

vavilovskij žurnal genetiki i selekcii

AN EXPERIMENTAL STUDY OF THE EFFECT OF RARE POLYMORPHISMS OF HUMAN HBB, HBD AND F9 PROMOTER TATA BOXES ON THE KINETICS OF INTERACTION WITH THE TATA-BINDING PROTEIN