English (United Kingdom)

https://curated-unify.zendy.io/wp-json/zendy-region/v1/featured_content/oa?rat=en

https://curated-unify.zendy.io/wp-json/zendy-region/v1/highlighted_journal/

Global: Zendy Plus annual

Presents the access of premium content as premium feature

Premium Content

Presents the keyphrase highlighting as premium feature

Keyphrase Highlighting

Presents the summarisation as premium feature

Summarisation

Insights

Presents the pdf analysis as premium feature

PDF Analysis

Presents the zaia usage as premium feature

ZAIA

Global: Zendy Tools annual

Global: Zendy Free Plan

Global: Zendy Tools monthly

Global: Zendy Plus monthly

Пространственная организация, форма молекулы ДНК являются ключевой характеристикой, определяющей ее функциональную специфичность и природу межмолеку­ лярных взаимодействий. Специфическая форма, которую молекула ДНК принимает при определенных условиях, обусловлена ее микромеханическими и структурными особенностями, зависящими от последовательности нук­ леотидов. Следовательно, отдельные характеристики фор­ мы ДНК могут быть прогнозированы. Предложен ряд моде­ лей для описания внутренней кривизны ДНК, включа ющий набор геометрических параметров двойной спирали, при­ меняемых при компьютерной реконструкции простран­ ственных структур. С другой стороны, необходимые пара ­ метры пар оснований можно рассчитать исходя из обще­ доступной информации атомной структуры ДНК. Принимая пары оснований как твердые тела, их относительное рас­ по ложение в пространстве можно оценить по полученным параметрам. Матрицы являются наиболее распространен­ ным способом реализации преобразований твердого тела и широко используются в моделировании формы ДНК. Бо­ лее простая и надежная альтернатива матрицам – кватер­ нионы. Единичные кватернионы представляют только по­ ворот, тогда как двойные кватернионы объединяют в себе и поворот, и смещение. В настоящем руководстве алгебра единичных и двойных кватернионов впервые применена для моделирования траектории молекулы ДНК исходя из конформационных параметров динуклеотидных шагов. Хотя использование двойных кватернионов опти мально для детального моделирования структуры, единич ные кватернионы достаточны для прогнозирования траек тории двойной спирали и последующих расчетов ее простран­ ственных характеристик. Обсуждаются широко использу­ емые, а также оригинальные алгоритмы вычисления кри­ визны, радиуса гирации, персистентной длины и фазиро­ вания статических изгибов для анализа формы молекулы, вычисления статистики полимерной цепи и прогнозиро­ вания микромеханических свойств на основе координат траектории ДНК­спирали. Приведенные алгоритмы будут полезны как в ходе in silico анализа относительно коротких фрагментов ДНК, так и в топологическом картировании полных геномов.

Quaternion modeling of the helical path for analysis of the shape of the DNA molecule