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Stenotrophomonas maltophilia is a Gram-negative bacillus, which is becoming widely recognized as an important nosocomial pathogen. The main objective of this study was to evaluate the genetic relatedness, by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of 86 clinical isolates of S. maltophilia (colonization 22, infection 64) obtained from 79 hospitalized patients, from different geographic regions of São Paulo State. The genotypic analysis performed by RAPD and PFGE was used in 24 isolates for genetic identity confirmation. The results were congruent between the two methods but it was not possible to link genetic profiles with the studied variables, clinical state and geographic area, probably due to the great variability among the strains. The analyses by PFGE confirmed identity in 5 pairs of microorganisms and RAPD, in this study, showed to be a useful tool for investigation of diversity leading the identification of 85 genetic profiles. The genetic diversity shown may be due to re-infection by different strains or co-infection by multiple strains which suggests multiple entry sources of the bacterium in the hospital setting or of acquisition by patient. In this setting, colonization, infection and re-infection occur with unknown frequency, raising the need for the establishment of specific control measures.Stenotrophomonas maltophilia é um bacilo Gram-negativo, conhecido como importante patógeno nosocomial. O principal objetivo desse estudo foi avaliar a relação genética, através da análise randômica do polimorfismo de DNA (RAPD) e eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE), de 86 isolados clínicos de S. maltophilia (22 de colonização, 64 de infecção) obtidos de 79 pacientes hospitalizados em diferentes regiões geográficas do estado de São Paulo. A análise genotípica foi realizada através da técnica RAPD e o PFGE foi usado em 24 isolados para confirmar a identidade genética dos mesmos. Os resultados foram coerentes entre os dois métodos, mas não foi possível correlacionar um perfil genético com as variáveis estudadas, estado clínico e área geográfica, provavelmente pela ampla variabilidade entre as linhagens. A análise por PFGE confirmou a identidade genética em 5 pares de microrganismos e o RAPD, neste estudo, mostrou ser uma ferramenta útil para investigação da diversidade, possibilitando identificar 85 perfis genéticos. A diversidade genética observada através do RAPD pode ser devido à re-infecção por diferentes linhagens ou co-infecção por linhagens distintas, sugerindo múltiplas fontes de entrada da bactéria no hospital ou de aquisição pelo paciente. Nesse ambiente, a colonização, infecção e re-infecção ocorrem com freqüência, o que leva à necessidade do estabelecimento de medidas de controle específicas

Genetic relatedness among clinical strains of Stenotrophomonas maltophilia in tertiary care hospital settings in São Paulo State, Brazil