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Three different regions of the alpha s1-casein gene (CSN1S1) were investigated to determine the frequencies of major alleles for null, low, intermediate and high milk protein expression in a herd of dairy goats raised in the southeastern region of Brazil. Genomic DNA samples were obtained from leukocytes of 145 dairy goats and regions of interest in the gene were amplified through Polymerase Chain Reaction (PCR), then evaluated in both agarose (O and E allele) and polyacrylamide gels (F allele). For better characterization of the F allele, a PCR-RFLP (PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism) study was performed employing the endonuclease XmnI. The allelic frequencies in the herd of 62 Saanen goats studied were: CSN1S1E = 0.35; CSN1S1F = 0.30; CSN1S1O1 = 0.02; CSN1S1A+B+C = 0.30, other alleles = 0.03. In another group of 83 Alpine animals, the frequencies were: CSN1S1E = 0.48; CSN1S1F = 0.28; CSN1S1O1 = 0.01; CSN1S1A+B+C = 0.20, other alleles = 0.03. In the region of exon 9 and intron downstream, where mutations that characterize the F allele occur, it was verified that different intragenic haplotypes may exist, involving the deletion of the 23rd nucleotide in the ninth exon in addition to the insertion of 11bp on intron. These haplotypes may be used to make direct association with other alleles. Although rare, a higher number of combinations were found in this work by evaluating in conjunction the region of the insertion of 3bp in the referred intron, which may allow a higher number of associations. A complete characterization of these combinations will allow elaborating simplified protocols to identify animals concerning the alleles of CSN1S1 gene in goats. Foram investigadas três regiões do gene da alpha s1-caseína (CSN1S1) para determinar as frequências dos principais alelos para nula, baixa, média e alta expressão desta proteína no leite em um rebanho de cabras leiteiras na Região Sudeste do Brasil. O DNA genômico foi isolado a partir de amostras de leucócitos provenientes de 145 cabras leiteiras e as regiões de interesse no gene foram amplificadas pela técnica da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e avaliadas posteriormente em gel de agarose (alelos O e E) e gel de poliacrilamida (alelo F). Para melhor caracterização do alelo F, após a PCR, também foi verificado o polimorfismo no comprimento dos fragmentos de restrição (PCR-RFLP) utilizando-se a endonuclease XmnI. No rebanho analisado, foram encontradas as seguintes frequências alélicas em 62 animais da raça Saanen: CSN1S1E = 0.35; CSN1S1F = 0.30; CSN1S1O1 = 0.02; CSN1S1A+B+C = 0.30; outros alelos = 0.03. Em outro grupo de 83 animais da raça Alpina, as frequências foram: CSN1S1E = 0.48; CSN1S1F = 0.28; CSN1S1O1 = 0.01; CSN1S1A+B+C = 0.20; outros alelos = 0.03. Na região do exon e intron 9, onde ocorrem as mutações que caracterizam o alelo F, podem existir diferentes haplótipos intragênicos, envolvendo a deleção do 23º nucleotídeo do exon 9, e a inserção de 11pb no intron subsequente. Esses haplótipos podem ser utilizados para associação direta a outros alelos. Embora raro, neste trabalho foi encontrado maior número de combinações ao se avaliar, juntamente com as outras duas mutações, a região da inserção de 3pb no mesmo intron, o que pode permitir maior número de associações. A completa caracterização dessas combinações permitirá elaborar protocolos mais simplificados para a identificação de animais quanto aos demais alelos do gene CSN1S1 em caprinos leiteiros

Polymorphism of alpha s1-casein gene in a dairy goat herd in the southeastern region of Brazil