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This study aimed to analyze genetic diversity in a conservation nucleus of Santa Inês sheep using thirteen microsatellite loci on chromosome 20 (where the Sheep Major Histocompatibility Complex - Ovar-MHC - is found). Seventy three animals from one herd born from 2004 to 2006 were evaluated as a principal nucleus. Seventy one animals from two other herds were used as control comparison. There was a reduction in heterozygosity over the years in relation to the whole population. This may be due to the repeated use of the same sires. The estimates of molecular coancestrality also indicated an increase in genetic similarity between individuals with the herd over the years. A high number of alleles occurred exclusively in the principal nucleus herd, but with a frequency lower than 10%. The Ovar-MHC region of chromosome 20 was shown to be highly polymorphic. Monitoring of the herd over time should be implemented as additional tool for genetic management within the herd. O objetivo neste trabalho foi analisar a diversidade genética de um núcleo de conservação da raça Santa Inês utilizando-se 13 locos de microssatélites localizados no cromossomo 20, onde se encontra o Complexo Maior de Histocompatibilidade ovino - Ovar-MHC. Foi avaliado um total de 73 animais nascidos nos anos de 2004, 2005 e 2006 mais 71 animais de outros dois rebanhos como controles. Em geral, constatou-se redução na heterozigosidade dos indivíduos ao longo dos anos em relação à população total, talvez pela baixa rotatividade de reprodutores. As estimativas de co-ancestralidade molecular também evidenciaram aumento da similaridade genética entre os indivíduos do rebanho ao longo dos anos. Há elevado número elevado de alelos privados na população principal, embora esses alelos tenham freqüência menor que 10%. A região do Ovar-MHC do cromossomo 20 ovino foi altamente polimórfica e pode ser usada para auxiliar na manutenção de rebanhos. A continuação deste monitoramento ao longo dos anos é desejável e deve ser implantada como ferramenta adicional visando, por exemplo, indicação de acasalamentos e descarte de animais

Genetic monitoring of a Santa Ines herd using microsatellite markers near or linked to the sheep MHC