English (United Kingdom)

https://curated-unify.zendy.io/wp-json/zendy-region/v1/featured_content/oa?rat=en

https://curated-unify.zendy.io/wp-json/zendy-region/v1/highlighted_journal/

Global: Zendy Plus annual

Presents the access of premium content as premium feature

Premium Content

Presents the keyphrase highlighting as premium feature

Keyphrase Highlighting

Presents the summarisation as premium feature

Summarisation

Insights

Presents the pdf analysis as premium feature

PDF Analysis

Presents the zaia usage as premium feature

ZAIA

Global: Zendy Tools annual

Global: Zendy Free Plan

Global: Zendy Tools monthly

Global: Zendy Plus monthly

The expression patterns of 277 sugarcane expressed sequence tags (EST)-contigs encoding putative defense-related (DR) proteins were evaluated using the Sugarcane EST database. The DR proteins evaluated included chitinases, beta-1,3-glucanases, phenylalanine ammonia-lyases, chalcone synthases, chalcone isomerases, isoflavone reductases, hydroxyproline-rich glycoproteins, proline-rich glycoproteins, peroxidases, catalases, superoxide dismutases, WRKY-like transcription factors and proteins involved in cell death control. Putative sugarcane WRKY proteins were compared and their phylogenetic relationships determined. A hierarchical clustering approach was used to identify DR ESTs with similar expression profiles in representative cDNA libraries. To identify DR ESTs differentially expressed in sugarcane tissues infected with Gluconacetobacter diazotrophicus or Herbaspirillum rubrisubalbicans, 179 putative DR EST-contigs expressed in non-infected tissues (leaves and roots) and/or infected tissues were selected and arrayed by similarity of their expression profiles. Changes in the expression levels of 124 putative DR EST-contigs, expressed in non-infected tissues, were evaluated in infected tissues. Approximately 42% of these EST-contigs showed no expression in infected tissues, whereas 15% and 3% showed more than 2-fold suppression in tissues infected with G. diazotrophicus or H. rubrisubalbicans, respectively. Approximately 14 and 8% of the DR EST-contigs evaluated showed more than 2-fold induction in tissues infected with G. diazotrophicus or H. rubrisubalbicans, respectively. The differential expression of clusters of DR genes may be important in the establishment of a compatible interaction between sugarcane and diazotrophic endophytes. It is suggested that the hierarchical clustering approach can be used on a genome-wide scale to identify genes likely involved in controlling plant-microorganism interactions. Os padrões de expressão de 277 contíguos de ESTs de cana-de-açúcar codificando proteínas possivelmente associadas ao sistema de defesa vegetal, e.g. quitinases, beta-1,3- glucanases, fenilalanina amonia liases, chalcona sintases, chalcona isomerases, isoflavona redutases, glicoproteínas ricas em hidroxiprolina, glicoproteínas ricas em prolina, peroxidases, catalases, superóxido dismutases, fatores de transcrição similares a WRKY e proteínas envolvidas no controle de morte celular, foram avaliados utilizando o banco de dados do SUCEST. Proteínas WRKY putativas de cana-de-açúcar foram comparadas e suas relações filogenéticas determinadas. Análises de agrupamento hierárquico foram utilizadas para a identificação de ESTs relacionadas à defesa vegetal com padrões de expressão similares em bibliotecas de cDNA representativas. Visando identificar ESTs relacionadas à defesa vegetal com expressão diferencial em tecidos de cana-de-açúcar infectados com Gluconacetobacter diazotrophicus ou Herbaspirillum rubrisubalbicans, 179 contíguos de ESTs possivelmente associados à defesa expressos em tecidos não-infectados (folhas e raízes) e/ou tecidos infectados foram selecionados e agrupados por similaridade de seus perfis de expressão. Alterações nos níveis de expressão de 124 contíguos de ESTs relacionados à defesa expressos em tecidos não-infectados foram avaliadas em tecidos infectados. Aproximadamente 42% desses contíguos de ESTs não apresentaram expressão em tecidos infectados, enquanto 15% e 3% apresentaram supressão de mais de duas vezes em tecidos infectados com G. diazotrophicus ou H. rubrisubalbicans, respectivamente. Aproximadamente 14 e 8% dos contíguos de ESTs avaliados apresentaram indução superior a duas vezes em tecidos infectados com G. diazotrophicus ou H. rubrisubalbicans, respectivamente. A expressão diferencial de agrupamentos de genes relacionados à defesa vegetal pode ser importante para o estabelecimento de interações compatíveis entre plantas e diazotróficos endofíticos. Os resultados sugerem que o agrupamento hierárquico pode ser utilizado em escala genômica para a identificação de genes possivelmente envolvidos no controle de interações planta-microrganismos

In silico differential display of defense-related expressed sequence tags from sugarcane tissues infected with diazotrophic endophytes