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Chrysanthemum is the important cut flower after rose among the ornamental plants traded in the global flower market. It is propagated vegetatively and also has a strong sporophytic self-incompatibility system as shown by all members of Asteraceae family. Morphologically, the petal numbers and flower colours present maximum variation when compared to existing varieties. Twenty Inter Simple Sequence Repeat primers were used to detect the new variety of Chrysanthemum developed through spontaneous sporting. The results indicate that the rate of polymorphism showed significant differences as compared to other existing varieties. The average number of amplification products per primer was eight. The size of ISSR amplified fragments varied from 0.25 - 2.4 Kbp. Therefore, ISSR marker is a useful technique for the rapid and easy assessment of genetic variation among the variants. Morphological traits of new variants showed variation as compared to other parents. The 1st flower bud appearance and the height of 1st bud of the variant were less as compared to original mother variety. The new variants can be propagated in large scale commercially through in vitro technique. Entre as plantas ornamentais comercializados no mercado mundial, o crisântemo é a flor de corte de maior importância sendo superado apenas pela rosa. Ele é propagado vegetativamente e também tem um forte sistema de auto-incompatibilidade esporofítica como mostrado por todos os membros da família Asteraceae. Morfologicamente, os números de pétalas e as cores das flores apresentam variação máxima em relação às cultivares existentes. Empregou-se vinte primers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) para caracterizar a nova cultivar de crisântemo desenvolvida por mutação expontânea. Os resultados indicam que a taxa de polimorfismo mostrou diferenças significativas em comparação com outras cultivares existentes. Foi de oito o número médio de produtos de amplificação por primers. O tamanho dos fragmentos ISSR amplificados variou de 0,25 a 2,4 Kbp. Portanto, o marcador ISSR é uma técnica útil para a avaliação rápida e fácil de variações genéticas entre cultivares. Características morfológicas de novas cultivares apresentaram variação em comparação com outros parentais. O aparecimento do primeiro botão floral e a sua altura na nova cultivar foi mais tardio e mais baixo quando comparado com o progenitor feminino. As novas cultivares podem ser propagadas em larga escala comercialmente através da técnica in vitro

Characterization of new variety of Chrysanthemum by using ISSR markers