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This study compared three mild and three severe strains of Papaya ringspot virus - type W (PRSV-W), based on nucleotide and amino acid sequences of the capsid protein (CP) gene. The CP nucleotide sequences of the mild strains shared 98% to 100% identity. When compared to the severe strains the identity ranged from 93% to 95%, except in the case of PRSV-W-2R, which resulted from reversion of the mild strains PRSV-W-2. The CP sequence of the reverting strain showed 100% identity with the sequence of its parental strain. An insertion of six nucleotides in the core region of the CP gene, which reflected the addition of two amino acids (Asn and Asp) in the deduced sequence of the protein, was found in all mild strains. These sequence comparisons were used to design strain-specific primers that were used to specifically amplify regions for either the mild or severe strains. Nesse estudo foram comparadas três estirpes premunizantes e duas estirpes severas do Papaya ringspot virus - type W, com base na seqüência de nucleotídeos do gene da proteína capsidial. As seqüências das proteínas do capsídeo das estirpes premunizantes compartilharam identidades de 98-100%. Quando comparadas às estirpes severas, a identidade variou de 93% a 95%. PRSV-W-2R, uma estirpe severa, resultante da reversão da estirpe PRSV-W-2, mostrou 100% de identidade com a seqüência da proteína do capsídio da estirpe parental PRSV-W-2. Uma inserção de seis nucleotídeos na região conservada da proteína do capsídeo, que resultou na adição de dois aminoácidos (Asn e Asp) na seqüência deduzida da proteína foi encontrada em todas as estirpes premunizantes. A comparação destas seqüências foi utilizada para desenhar oligonucleotídeos iniciadores próprios da espécie que foram usados para amplificar essas regiões nas estirpes severas e premunizante

Comparação da seqüência de nucleotídeos do gene da proteína capsidial de estirpes severas e premunizantes do Papaya ringspot virus