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In wissenschaftsphilosophischen und wissenschaftspolitischen Debatten ist bislang vernachlässigt worden, dass TransdisziplinWissenschaften einem völlig anderen Paradigma unterliegen als die Disziplin-Wissenschaften. Das betrifft gleichermaßen die Definition der Probleme, die Sprache und Begrifflichkeit, die Denkmodelle, die Methoden und die Qualitätskriterien. Da die Probleme in einer transdisziplinären Wissenschaft nicht analytisch, sondern synthetisch verstanden werden, sind dementsprechend statt der sonst üblichen analytischen Methoden vor allem synthetische Methoden angezeigt. Die Modellmethoden der Allgemeinen Systemtheorie sind hervorragende Ansätze zur synthetischen Bewältigung der komplexen Probleme in Weltverständnis und Weltgestaltung. Letztlich findet Transdisziplinarität ihren theoretischen Ort in einer synthetischen Philosophie.

Allgemeine Systemtheorie als transdisziplinäre Integrationsmethode