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7 1INTRODUÇÃO 8 1.1ESQUISTOSSOMOSE 8 1.2SCHISTOSOMA MANSONI 9 1.2.1O PARASITA  9 1.2.2CONTEXTO EVOLUTIVO  13 1.3GENÔMICA DE SCHISTOSOMA MANSONI  15 1.4ANÁLISES DE EXPRESSÃO GÊNICA UTILIZANDO MICRO-ARRANJOS DE DNA  16 1.5BIOINFORMÁTICA APLICADA AO ESTUDO DE ORGANISMOS NÃO-MODELO  18 1.5 – EXPRESSÃO SENSO-ANTISENSO  22 2OBJETIVOS  24 3METODOLOGIA  25 3.1DA CONSTRUÇÃO E ANOTAÇÃO DO MICRO-ARRANJOS DE CDNA  25 3.2DA CONSTRUÇÃO E ANOTAÇÃO DO MICRO-ARRANJOS DE OLIGONUCLEOTÍDEOS  27 3.2.1FILTRAGEM E MONTAGEM DAS SEQÜÊNCIAS  27 3.2.2GERAÇÃO E FILTRAGEM DE CONTIGS  28 3.2.3DEFINIÇÃO DE UM CONJUNTO NÃO REDUNDANTE DE GENES  34 3.3NORMALIZAÇÃO DE DADOS  35 3.4SELEÇÃO DE GENES DIFERENCIALMENTE EXPRESSOS  38 3.5CLASSIFICAÇÃO E ANÁLISES USANDO ONTOLOGIAS  39 3.6IMPLEMENTAÇÃO DE UM GENOME BROWSER  43 3.7IMPLEMENTAÇÃO DO PLUGIN PARA ALINHAMENTO  44 3.8DA DETECÇÃO DE TRANSCRITOS ANTISENSO COM AÇÃO EM TRANS  46 3.8.1DETERMINAÇÃO DA ORIENTAÇÃO DAS SEQÜÊNCIAS 46 3.8.2BUSCA, FILTRAGEM E CLASSIFICAÇÃO DOS NATS (NATURAL ANTISENSE TRANSCRIPTS)  47 3.8.3CURADORIA DOS RESULTADOS  50 3.9DA IDENTIFICAÇÃO DE GENES DE S. MANSONI COM ORTÓLOGOS EM DEUTEROSTOMIA  50 3.9.1CONJUNTOS DE DADOS  50 3.9.2BUSCA POR SIMILARIDADE  51 3.9.3ALINHAMENTO MÚLTIPLO E RECONSTRUÇÃO FILOGENÉTICA  51 3.10EXPERIMENTOS COM MICRO-ARRANJOS  52 3.10.1MICRO-ARRANJOS DE CDNA  52 3.10.2MICRO-ARRANJOS DE OLIGONUCLEOTÍDEOS  52 Thiago Motta Venancio Doutorado em Bioinformática, Universidade de São Paulo 5 4RESULTADOS E DISCUSSÃO  53 4.1ANÁLISE DE EXPRESSÃO DIFERENCIAL ENTRE VERMES ADULTOS MACHOS E FÊMEAS COM A PLATAFORMA DE DE CDNA  53 4.2ANÁLISE DO TRANSCRIPTOMA DE VERMES ADULTOS USANDO MICRO-ARRANJOS  55 4.2.1GENES EXPRESSOS EM VERMES ADULTOS  55 4.2.2EXPRESSÃO DE PARES SENSO-ANTISENSO  59 4.3EXPRESSÃO DE TRANSCRITOS ANTISENSO COM AÇÃO EM TRANS  61 4.4DA IDENTIFICAÇÃO DE GENES DE S. MANSONI COM ORTÓLOGOS EM DEUTEROSTOMIA  69 4.4.1IMPLICAÇÕES EVOLUTIVAS  69 4.4.2S. mansoni Insulin Induced Gene (SmINSIG)  73 4.4.3S. MANSONI VASOHIBIN (SMVAS)  77 4.4.4S. MANSONI INTERFERON REGULATORY FACTOR (SMIRF)  83 4.4.5CONSIDERAÇÕES GERAIS  86 5CONCLUSÕES  87 6REFERÊNCIAS  88 Thiago Motta Venancio Doutorado em Bioinformática, Universidade de São Paulo 6

Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni.