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ZAIA

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"Las inferencias macroevolucionarias a partir de filogenias moleculares son cada vez mas comunes (ver Harvey et al., 1996; Mooers y Heard, 1997; Pagel, 1999; Barraclough y Nee, 2001). Muchos metodos en los que se invocan filogenias para la inferencia historica asumen que una filogenia molecular es una representacion sin errores de la historia filogenetica subyacente de los taxones incluidos (pero ver Lutzoni et al., 2001; Huelsenbeck et al., 2000; Huelsenbeck y Rannala, 2003 ). Sin embargo, las filogenias moleculares son estimaciones de esta historia basadas en un modelo particular de evolucion; asi, hay algo de Wagner, G. P. 1989b. El origen de los caracteres morfologicos y la base biologica de la homologia. Evolucion 43: 1157-1171. Wagner, G. P. y P. F. Stadler. 2003. Cuasi-independencia, homologia y unidad de tipo: una teoria topologica de caracteres. J. Theor. Biol. 220: 505–527. Wheeler, W. C. 1996. Optimizacion de alineacion: ?El final de la alineacion de multiples secuencias en filogenia? Cladistica 12: 1-10. Wheeler, W. C. y D. S. Gladstein. 1994. MALIGN: Un programa de alineacion de secuencias multiples. J. Hered. 85: 417–418. Wheeler, W. C. y R. L. Honeycutt. 1988. Diferencia de secuencia apareada en ARN ribosomales: implicaciones evolutivas y filogeneticas. Mol. Biol. Evol. 5: 90–96. Wiley, E. O. 1978."

Under-parameterized Model of Sequence Evolution Leads to Bias in the Estimation of Diversification Rates from Molecular Phylogenies