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Background: Asian soybean rust (SBR) caused by Phakopsora pachyrhizi Syd. & Syd., is one of the main diseases affecting soybean and has been reported as one of the most economically important fungal pathogens worldwide. Knowledge of the genetic diversity of this fungus should be considered when developing resistance breeding strategies. We aimed to analyze the genetic diversity of P. pachyrhizi combining simple sampling with a powerful and reproducible molecular technique. Results: We employed Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) technique for the amplification of P. pachyrhizi DNA extracted from naturally SBR-infected plants from 23 production fields. From a total of 1919 markers obtained, 77% were polymorphic. The high percentage of polymorphism and the Nei's genetic diversity coefficient (0.22) indicated high pathogen diversity. Analysis of molecular variance showed higher genetic variation within countries than among them. Temporal analysis showed a higher genetic variation within a year than between years. Cluster, phylogenetic and principal co-ordinate analysis showed that samples group by year of collection and then by country sampled. Conclusions: The study proposed combining a simple collection of urediniospore with a subsequent analysis by AFLP was useful to examine the molecular polymorphism of samples of P. pachyrhizi collected and might have a significant contribution to the knowledge of its genetic diversity. Also, AFLP analysis is an important and potent molecular tool for the study of genetic diversity and could be useful to carry out wider genetic diversity studies.Fil: Rocha, Carla Maria Lourdes. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Vellicce, Gabriel Ricardo. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Garcia, Maria Gabriela. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Pardo, Esteban Mariano. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Racedo, Josefina. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Perera, María Francisca. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: de Lucía, Adrián. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; ArgentinaFil: Gilli, Javier. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuario Marcos Juarez; ArgentinaFil: Bogado, Noelia. Instituto Paraguayo de Tecnología Agraria; ParaguayFil: Bonnecarrère, Victoria. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria; UruguayFil: German, Silvia. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria; UruguayFil: Marcelino, Francismar. Empresa Brasilera de Pesquisa Agropecuaria; BrasilFil: Ledesma, Fernando. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Reznikov, Sebastian. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Ploper, Leonardo Daniel. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Welin, Bjorn. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; ArgentinaFil: Castagnaro, Atilio Pedro. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina; Argentin

Use of AFLP markers to estimate molecular diversity of Phakopsora pachyrhizi