Open AccessBước đầu xây dựng bộ chỉ thị SSR của DNA dưa leo và nhiệt độ bắt cặp tối ưu của các mồi SSR cho phản ứng PCR
Author(s) -
Lương Hiếu Ngân,
Hồ Thị Bích Phương,
Nguyễn Như Thành,
Hoàng Thị Thuỳ,
Cao Tiến Sang,
Vũ Quốc Trưởng,
Linh Thị Trúc Lê,
Lê Thị Kính
Publication year - 2021
Publication title -
tạp chí khoa học đại học mở thành phố hồ chí minh - kỹ thuật và công nghệ
Language(s) - Vietnamese
Resource type - Journals
eISSN - 2734-9594
pISSN - 2734-9322
DOI - 10.46223/hcmcoujs.tech.vi.16.1.1872.2021
Subject(s) - stereochemistry , chemistry
Bản đồ liên kết phân tử với mật độ chỉ thị cao cần được xác định trước khi thực hiện chọn giống bằng DNA marker trong đó các chỉ thị này có sự liên kết chặt với các tính trạng quan tâm. SSR (Simple Sequence Repeat - Trình tự lặp lại đơn giản) là một marker phân tử được dùng để xây dựng bản dồ liên kết phân tử và có thể phân biệt được các dạng dị hợp và đồng hợp của gene. Mục tiêu của nghiên cứu là xây dựng bộ chỉ thị SSR có liên kết với các tính trạng quan trọng trong chọn giống dưa leo và xác định được điều kiện tối ưu cho phản ứng PCR khuyếch đại DNA dưa leo từ những SSR này. Thực hiện khai thác in silico để xây dựng bộ dữ liệu SSR. Tối ưu hoá phản ứng PCR bằng chạy gradient nhiệt độ cho các mồi SSR. Chúng tôi đã xác định được 52 SSR có liên kết với các tính trạng quan trọng trong chọn giống dưa leo. Điều kiện nhiệt độ bắt cặp tối ưu 46 SSR trong phản ứng PCR khuếch đại DNA dưa leo đã được xác định. Đây là dữ liệu quan trọng cho bước sàng lọc các cây phân ly trong quá trình chọn giống dưa leo tiếp sau đó.