Transcriptome of breast tumor with different amplification statuses of long arm of chromosome 8

Изучено изменение транкриптома опухоли молочной железы (РМЖ) с различным статусом амплификации длинного плеча 8 хромосомы (с локусом 8q24) и в процессе предоперационной химиотерапии. В исследовании использовались парные образцы биопсийного материала до лечения и операционного материала от 60 больных РМЖ люминального В подтипа, получавших 4-8 курсов неоадъювантной химиотерапии (НХТ). Показано, что в 65% случаев амплификация 8q сохраняется в опухоли после НХТ. Показаны топ-10 сигнальных путей дифференциально-экспрессируемых генов (ДЭГ) в опухоли больных РМЖ до лечения и после НХТ с наличием амплификации 8q. ДЭГ пациентов с различным статусом амплификации 8q (с регионом 8q24) до лечения и после НХТ пересекаются всего по 8 генам. В резидуальной опухоли у больных с амплификацией 8q было установлено повышение экспрессии генов стволовости GSK3B, MYC, GATA3, SMAD4, SMAD2, принимающих участие в WNT- и TGFb-сингналинге. Проведенное исследование показывает большое влияние амплификации длинного плеча хромосомы 8 на опухолевый транскриптом при РМЖ, независимо от других молекулярно-генетических признаков. Амплификация 8q с участием региона 8q24 приводит к значительному сдвигу уровня транскрипции большого количества генов именно после воздействия химиотерапии. The aim of this work was to study changes in the breast tumor transcriptome and the amplification status of the long arm of chromosome 8 (with locus 8q24) and in the process of pre-surgery chemotherapy. The study used paired samples of biopsy material before treatment and surgical material from 60 patients with breast cancer of luminal B subtype who received 4-8 courses of NAC. It was shown that in 65% of cases, amplification of 8q is preserved in the tumor after NAC. Top-10 DEG signaling pathways in the tumor of breast cancer patients before treatment and after NAC with the presence of amplification of 8q are shown. DEG of patients with different amplification statuses of 8q (with region 8q24) before treatment and after NAC overlap in8 genes. In the residual tumor of patients with amplification of 8q, an increase in the expression of stemness genes GSK3B, MYC, GATA3, SMAD4, SMAD2 participating in WNT and TGFb syngnaling was found. The study shows a large effect of amplification of the long arm of chromosome 8 on the tumor transcriptome in breast cancer, regardless of other molecular genetic features. Amplification of 8q involving region 8q24 leads to a significant shift in the level of transcription of a large number of genes precisely after exposure to chemotherapy.