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Handleyomys chapmani (Chapman's Handley's mouse) is a Mexican endemic rodent inhabiting humid montane forest of the Sierra Madre Oriental (SMO), the Oaxacan Highlands (OH), and the Sierra Madre del Sur (SMS). The systematic status of populations currently classified as H. chapmani has been problematic and to date evolutionary relationships among populations remain unresolved. In this study we use sequences from the mitochondrial cytochrome-b gene (1,143 base pairs [bp]) and intron 7 of the beta fibrinogen gene (621 bp) to reconstruct a phylogeny, estimate divergence times, and assess patterns of sequence variation over geography among samples of H. chapmani. This species was recovered as 2 monophyletic clades corresponding to the SMO-OH and SMS mountain ranges. Moreover, H. saturatior, the purported sister taxon to H. chapmani, was consistently recovered as the sister lineage to the SMO-OH clade, rendering H. chapmani paraphyletic. The geographic distribution of the 2 H. chapmani clades and of H. saturatior strongly correlate with the geographic extent of the SMO-OH, SMS, and the Trans-Isthmian Highlands (highlands east of the Isthmus of Tehuantepec through Central America) mountain ranges. Divergence times associate their isolation to late Pleistocene climatic changes that likely were reinforced by barriers such as the Isthmus of Tehuantepec, the Tehuacán–Cuicatlán Valley, and the Central Valleys of Oaxaca. The fact that populations of H. chapmani represent 2 independent evolutionary lineages results in a substantial reduction in the distributional range for both entities. Therefore, the conservation status of H. chapmani should be re-evaluated. Resumen Handleyomys chapmani (ratón de Handley de Chapman) es un roedor endémico de México con distribución en la Sierra Madre Oriental (SMO), Sierra Norte de Oaxaca (OH) y Sierra Madre del Sur (SMS). El estatus taxonómico de las poblaciones actualmente clasificadas como H. chapmani ha sido problemático y hasta la fecha, las relaciones evolutivas entre dichas poblaciones continúan sin resolverse. En este estudio, usamos secuencias del gen mitocondrial citocromo b (1143pb) y del intron 7 del gen beta fibrina (621pb) para estimar una filogenia del grupo, tiempos de divergencia y analizar los patrones de variación genética entre poblaciones de H. chapmani en un sentido geográfico. H. chapmani fue recuperado en 2 clados monofiléticos correspondientes a los sistemas montañosos de la SMO-OH y SMS. Además, H. saturatior (ratón de Handley de bosque nublado), reconocido como el grupo hermano de H. chapmani, fue consistentemente recuperado como el linaje hermano al clado de las SMO-OH; revelando a H. chapmani como un taxón parafilético. La distribución geográfica de los 2 clados en H. chapmani y H. saturatior muestra una fuerte correlación con la extensión geográfica de la SMO-OH, la SMS y las Tierras Altas Trans-Istmicas (TIH; tierras altas al este del Istmo de Tehuantepec en Chiapas y América Central). Los tiempos de divergencia asocian el aislamiento de éstas entidades con cambios climáticos del Pleistoceno superior, que posiblemente fue reforzado por barreras geográficas como el Istmo de Tehuantepec, el Valle Tehuacán-Cuicatlán y los Valles Centrales de Oaxaca. El hecho de que las poblaciones de H. chapmani constituyan 2 entidades evolutivas, tiene como consecuencia la reducción significativa del rango de distribución de estos 2 linajes. Por lo tanto, el estatus de conservación de H. chapmani debe ser reevaluado.

Molecular phylogenetics of theHandleyomys chapmanicomplex in Mesoamerica